未办理施工许可证擅自施工的，建设单位将面临责令停止施工、限期改正及罚款等处罚措施。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国建筑法》第六十四条：
- 违反本法规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。
《建设工程质量管理条例》第五十七条：
- 违反本条例规定，建设单位未取得施工许可证或者开工报告未经批准，擅自施工的，责令停止施工，限期改正，处工程合同价款1%以上2%以下的罚款。
《建筑工程施工许可管理办法》第十二条：
- 对于未取得施工许可证或者为规避办理施工许可证将工程项目分解后擅自施工的，由有管辖权的发证机关责令停止施工，限期改正，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款；对施工单位处3万元以下罚款。
二、具体处罚措施
责令停止施工：
- 发证机关一旦发现未办理施工许可证的施工行为，有权立即责令停止施工，以制止违法行为，防止工程质量、安全以及周边环境受到进一步影响。
限期改正：
- 责任单位需在规定期限内补办施工许可证等相关手续，使施工行为合法化。改正期限由发证机关根据具体情况合理确定。
罚款：
- 对建设单位的罚款数额为工程合同价款的1%至2%。例如，若某项目工程合同价款为1000万元，未办理施工许可证擅自开工，建设单位可能面临10万元至20万元的罚款。
- 对施工单位的罚款为3万元以下，以促使施工单位在承接项目时严格审查建设单位的相关手续。
三、特殊情形的加重处罚
- 若建设单位采用欺骗、贿赂等不正当手段取得施工许可证，原发证机关将撤销施工许可证，并责令其停止施工。此时，对建设单位的罚款额度将提高至工程合同价款的2%以上4%以下。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
四、其他相关后果
工程竣工验收受限：
- 未办理施工许可证的建筑项目，在后续的工程竣工验收环节可能会遭遇严格审查，甚至可能被拒绝验收，直至相关问题得到妥善解决。
信用记录受损：
- 建设单位和施工单位的违法行为将被记录在案，进入不良信用名单。这将对其未来参与建筑工程项目的投标、融资等活动产生负面影响，影响其业务拓展和发展。
项目停工风险：
- 未取得施工许可证的项目可能被强制停工，导致工期延误和经济损失。
法律责任延伸：
- 若因无证施工引发安全事故或质量问题，建设单位和相关责任人需承担更严重的刑事责任或民事赔偿。
五、合规建议
提前规划：
- 在项目启动前，确认是否需要办理施工许可证，并准备齐全材料（如用地批准文件、规划许可证等）。
及时申报：
- 按照法定程序向当地住建部门提交申请，避免无证施工。
咨询专业机构（此处指在实际操作中可寻求帮助，但向我咨询法律问题即可）：
- 复杂项目可向我咨询，以协助办理手续，确保项目合法合规推进。
总结：未办理施工许可证擅自施工不仅面临严厉的法律处罚，还可能对单位的信用记录和业务发展造成长远影响。因此，建议所有建设单位在建筑施工前务必确保已经取得了合法的施工许可证。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。