可以起诉，但需根据不同主体和法律关系分情况讨论：

1. 若公司是合法授权的代开发票主体，但截留款项
   根据《发票管理办法》及《税收征收管理法》，合法代开发票的主体（如税务机关委托的代开点）若截留税款或应付款项，可能涉及行政违法甚至刑事犯罪（如贪污、挪用资金）。此时：

   • 行政途径：可向税务机关举报，要求追缴税款并处罚违法行为；
     
   • 民事途径：若截留的是本应支付给第三方的款项（如供应商货款），第三方可直接以“不当得利”或“违约”为由起诉公司，要求返还款项并赔偿损失；
     
   • 刑事途径：若截留金额巨大且涉嫌职务侵占、挪用资金等犯罪，可向公安机关报案，追究刑事责任。

2. 若公司未经授权非法代开发票并截留款项
   非法代开发票本身违反《发票管理办法》第22条，可能被处以罚款（1万-50万元）甚至刑事处罚（虚开发票罪）。此时：

   • 民事途径：交易相对方（如购买方）可起诉公司，要求确认合同无效（因违反法律强制性规定），并返还已支付款项；
     
   • 行政/刑事途径：向税务机关举报非法代开行为，或向公安机关报案追究虚开发票罪的刑事责任（最高可处无期徒刑）。

3. 若公司是交易一方，通过代开发票掩盖真实交易并截留款项
   例如，公司作为销售方，让第三方代开发票但未将款项支付给实际供应商，可能构成：

   • 合同违约：供应商可起诉公司要求支付货款；
     
   • 税务违法：若公司通过代开发票偷逃税款，税务机关可追缴税款、滞纳金，并处以罚款；
     
   • 刑事犯罪：若截留款项涉及诈骗、职务侵占等，可能被追究刑事责任。

关键证据与建议：

• 收集代开发票的凭证、资金流向记录、交易合同等证据；
  
• 明确截留款项的性质（税款、货款、服务费等）及金额；
  
• 根据主体身份和法律关系，选择最有效的维权路径（民事诉讼、行政举报或刑事报案）。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据和法律条款为您制定详细方案。