药品进货未索取发票的处罚依据主要涉及《中华人民共和国发票管理办法》及《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，具体分析如下：

1. 《中华人民共和国发票管理办法》的处罚规定
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条，若药品经营企业在进货时未按规定索取发票，税务机关可责令其改正，并处以1万元以下罚款；若存在违法所得，还将予以没收。此条款直接针对未索取发票的行为设定了明确的行政处罚标准。

2. 《中华人民共和国药品管理法》的关联处罚
   《中华人民共和国药品管理法》虽未直接规定未索取发票的处罚，但要求药品经营企业必须从合法渠道购进药品，并建立真实、完整的购销记录。若因未索取发票导致无法证明药品来源合法性，可能被认定为从非法渠道购进药品，从而触发该法第一百二十九条的处罚：

   • 责令改正，没收违法购进的药品和违法所得；
     
   • 处违法购进药品货值金额二倍以上十倍以下罚款；
     
   • 情节严重的，吊销药品经营许可证。

3. 税务与药品监管的协同处罚风险
   实践中，税务部门与药品监管部门可能联合执法。若企业未索取发票的行为同时违反税务和药品管理规定，可能面临双重处罚：税务部门依据《发票管理办法》罚款，药品监管部门依据《药品管理法》没收药品、罚款甚至吊销许可证。

建议：药品经营企业应严格遵守发票索取义务，确保每笔进货均有合法发票作为凭证，避免因程序瑕疵引发行政处罚或法律风险。若已发生未索取发票的情况，应立即补救（如联系供应商补开发票），并主动向监管部门说明情况，争取减轻处罚。