工厂旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从几个角度进行详细分析：

法律依据

1. 《工资支付暂行规定》：该规定明确指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定并未授权用人单位可以因旷工一天而扣除三天的工资。

2. 《劳动合同法》：该法规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位不得随意克扣劳动者的工资，除非有明确的法律规定或劳动合同中的特别约定，并且这种约定也必须符合法律法规的规定。

实际操作与合法性分析

1. 旷工与工资扣除的关系：旷工是劳动者违反用人单位规章制度的行为，用人单位有权根据规章制度对劳动者进行相应的处理，如警告、罚款（但罚款需合法合理，且不得超过法定限额）、解除劳动合同等。然而，将旷工一天的工资扣除三倍，显然超出了合理范围，也缺乏法律依据。

2. 用人单位规章制度的合法性：即使用人单位在规章制度中规定了旷工一天扣三天工资的条款，该条款也可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。因为，用人单位的规章制度必须符合法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。

建议与后果

1. 对劳动者的建议：如果你遇到了工厂旷工一天扣三天工资的情况，你可以先与用人单位进行协商，要求其按照法律法规的规定支付工资。如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

2. 对用人单位的后果：如果用人单位坚持执行旷工一天扣三天工资的规定，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。同时，这种不合理的规定也可能影响用人单位的声誉和员工关系，不利于企业的长期发展。

综上所述，工厂旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。如果你遇到了这种情况，不要害怕，要勇敢地维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。