当政府发包的工程过了诉讼时效，确实会面临一些法律上的挑战，但并不意味着您就完全无法维护自己的权益。以下是一些建议，希望能帮助您妥善处理这一问题：
一、尝试与债务人（政府或相关部门）协商和解或达成新的还款协议
协商和解：
- 您可以主动与政府或相关部门进行友好沟通，详细阐述工程款的构成、拖欠情况以及对您造成的影响。
- 强调您的合法权益，并争取政府或相关部门对您的理解和支持。
- 在协商过程中，您可以就还款金额、还款方式、还款时间等具体事项提出合理建议，并寻求双方都能接受的解决方案。
达成新的还款协议：
- 如果协商成功，双方可以签订新的还款协议。
- 根据相关法律规定，债权人与债务人自愿达成新的还款协议后，诉讼时效将重新计算。这意味着您可以在新的诉讼时效期间内再次通过法律途径主张自己的权利。
- 新的还款协议应明确约定还款的具体内容，如还款金额、还款期限、利息计算方式等，并由双方签字盖章确认，以确保协议的合法性和有效性。
二、寻求第三方调解
申请行业调解组织调解：
- 在建设工程领域，您可以向当地的建筑业协会等行业组织申请调解。
- 这些行业组织通常具有丰富的专业知识和经验，能够更好地理解双方的诉求，并提出合理的解决方案。
- 如果调解成功，双方可以签订调解协议，该协议具有一定的约束力，双方应当履行。
请求人民调解委员会调解：
- 您也可以向所在地的人民调解委员会申请调解。
- 人民调解委员会的调解员会秉持公正、公平的原则，倾听双方的意见，协助双方进行沟通和协商。
- 经人民调解委员会调解达成的调解协议，具有民事合同性质，当事人应当按照约定履行。如果一方不履行调解协议，另一方可以向人民法院提起诉讼，要求对方履行调解协议。
三、考虑其他法律救济途径（需结合具体情况）
分析是否存在诉讼时效中断或中止的情形：
- 您需要仔细审查整个事件过程，看是否存在导致诉讼时效中断或中止的法定情形。
- 例如，如果您在诉讼时效期间内曾向政府或相关部门提出过履行请求，或者政府或相关部门同意履行义务等，那么诉讼时效可能会从中断、有关程序终结时起重新计算。
- 如果存在不可抗力等情形，诉讼时效可能会中止，待阻碍时效进行的事由消除后，诉讼时效期间继续计算。
探索其他可能的法律依据或救济方式：
- 除了直接的工程款诉讼请求外，您还可以考虑是否存在其他与之相关的法律依据或救济方式。
- 例如，如果工程存在质量问题，您可以依据相关法律规定，要求政府或相关部门承担修复费用或赔偿责任等。
- 这需要您深入研究相关法律法规和合同条款，寻找对自己有利的法律依据。
四、注意事项
- 在处理此类问题时，建议您咨询专业的法律人士或律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
- 保留好所有与工程款相关的证据和文件，如合同、发票、付款记录等，以备不时之需。
- 保持与政府或相关部门的良好沟通，尽量通过协商和调解的方式解决纠纷，以维护双方的合作关系和声誉。
希望以上建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。