对正在建设的违法建筑，相关部门可以采取以下多种措施来及时制止违法行为、恢复规划秩序并依法惩处责任人：

1. 责令停止建设：

   • 一旦发现正在建设中的违法建筑，相关部门会立即发出停建通知，要求当事人立即停止建设行为。这是为了防止违法行为进一步扩大，减少后续处理的难度和资源浪费。例如，在城市规划区内，如果未经规划许可擅自搭建房屋，规划部门会迅速下达停建通知，要求当事人立即停工。

2. 限期拆除与强制拆除：

   • 对于严重违反城乡规划、土地利用总体规划等无法改正的违法建筑，相关部门会责令当事人在规定期限内自行拆除。如果当事人逾期不拆除，行政机关将依法实施强制拆除。强制拆除前，会遵循催告、公告、强制执行决定等法定程序，确保执法的合法性和公正性。同时，强制拆除可能产生的费用将由违法者承担。

3. 没收实物或违法收入：

   • 对于虽违反规划但尚可改正的违法建筑，在责令改正后，如果建筑无法恢复原状或拆除会造成重大损失，相关部门可以依法没收违法建筑实物或因违法建设获得的收入。例如，在工业园区内，如果未经许可建设了厂房，且该厂房符合一定的使用条件但无法补办手续，相关部门可能会选择没收该厂房或其违法收入。

4. 罚款：

   • 根据违法情节的轻重，相关部门会依法对违法建设当事人处以罚款。罚款的幅度会依据相关法律法规确定，并考虑违法建筑的面积、价值等因素。例如，根据《城乡规划法》的规定，对于违法建设行为，可以并处建设工程造价百分之五至百分之十的罚款。

5. 补办手续（在特定条件下）：

   • 如果违法建筑存在一定合理性且符合规划要求，经当事人申请，相关部门在审核后可能会允许其补办建设手续，使其合法化。这主要适用于部分历史遗留建筑物，因当时特殊情况未办理完整手续，但符合当前规划和安全要求的。不过，这种情况相对较少，且需要严格审核。

6. 其他处罚措施：

   • 除了上述措施外，相关部门还可能根据具体情况和法律法规采取其他处罚措施，如公示违法行为、记入信用记录等。这些措施旨在警示和教育责任人，防止类似违法行为再次发生。

在处理违法建筑时，必须严格遵循法律程序和权限，确保执法的合法性和公正性。同时，也鼓励社会各界参与监督，共同维护城乡规划和建设秩序。如果您或您身边的人遇到了违法建筑相关的问题，或者对正在建设的违法建筑的处理措施有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。