在处理公司辞退员工工资计算的问题时，我们需要遵循相关法律法规，并结合劳动合同、公司规章制度以及具体的辞退情形来综合确定。以下是一个详细且清晰的解答：

一、工资结算的基本原则

1. 按实际出勤结算：

   • 工资应计算至员工离职当日，这包括实际的工作日以及可能包含的法定节假日或休息日（如果员工在这些日子有出勤或应得出勤的情况，但具体需根据劳动合同和公司规定来确定）。
   • 工资计算方式通常为：日薪 = 月工资 ÷ 月计薪天数（一般月计薪天数为21.75天），然后应发工资 = 日薪 × 实际工作天数。

2. 加班工资的计算：

   • 如果员工在辞退前有加班情况，加班工资也需要一并结算。
   • 加班工资的计算标准根据加班类型而定：平时加班为1.5倍工资，周末加班（不能安排补休的情况下）为2倍工资，法定节假日加班为3倍工资。

二、经济补偿与赔偿金的支付

1. 合法辞退：

   • 如果员工存在严重违反公司规章制度等法定过错情形，公司无需支付经济补偿，但仍需结清工资。

2. 协商一致辞退：

   • 如果双方协商一致解除合同，经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的月工资是指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

3. 违法辞退：

   • 如果公司无合法理由辞退员工，需支付赔偿金，赔偿金标准为经济补偿标准的二倍，即员工在公司每工作一年，支付两个月工资的赔偿金。
   • 如果员工月工资高于当地职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高不超过十二年。

三、特殊情形的处理

1. 未结算费用：

   • 未支付的加班费、绩效奖金、提成等需按约定或实际完成情况发放。例如，销售岗位的员工应按合同约定的提成比例计算未完成订单的佣金。

2. 代扣款项的合规性：

   • 公司仅可扣除法定项目（如个税、社保个人部分）及合同约定且合法的扣款（如工装押金返还后扣除）。非法扣款（如罚款）是无效的。

3. 年终奖的争议：

   • 如果劳动合同或规章制度明确年终奖发放条件，且员工已满足条件，即使被辞退也应按比例发放年终奖。例如，年终奖按季度考核发放，员工已完成前三季度考核，则可主张75%的年终奖。

四、员工维权途径

• 如果公司拒绝按规定结算工资或支付经济补偿/赔偿金，员工可以通过与公司协商、申请劳动仲裁、向劳动监察部门投诉等途径来维护自身合法权益。

五、实际操作建议

• 书面确认：在解除劳动合同时，最好通过《解除劳动合同协议书》明确工资、补偿金额及支付时间，以避免后续纠纷。
• 证据留存：公司应保存考勤记录、工资条、绩效考核结果等材料，以证明工资计算的依据。
• 合规流程：确保辞退程序符合《劳动合同法》的规定，如提前通知工会、出具书面解除通知等。

综上所述，公司辞退员工时的工资计算是一个复杂但必须严格依法进行的过程。公司应确保员工的合法权益得到保障，在工资结算、经济补偿与赔偿金支付等方面依法行事，以避免引发不必要的法律纠纷。