核心结论：发现夫妻共同账户少了5万，建议按以下步骤处理：

1. 立即核实资金去向
   首先通过银行流水、交易记录等书面凭证，确认资金的具体流向（如转账、消费、取现等）。若发现异常交易（如非本人操作、陌生账户转账），需第一时间联系银行冻结账户，防止损失扩大。
   法律依据：根据《商业银行法》第六条，银行有义务保障客户资金安全。若因银行系统漏洞导致资金被盗，银行可能需承担赔偿责任。

2. 区分资金减少的性质

   • 共同支出：若资金用于家庭共同生活（如医疗、教育、购房等），且双方事先知情或事后认可，一般不属于法律纠纷，但需保留相关凭证（如发票、合同）以备查。
     
   • 单方擅自处分：若一方未经另一方同意，擅自将共同财产赠与他人、挥霍或转移至个人账户，可能构成侵犯配偶财产权。根据《民法典》第1062条，夫妻对共同财产有平等处理权，擅自处分重大财产需双方协商一致。
     
   • 被他人盗取：若资金被第三人通过伪造证件、黑客攻击等方式非法转移，需立即报警并配合调查，同时可要求银行协助追回资金。

3. 收集证据并协商或诉讼

   • 证据收集：保存银行流水、交易记录、聊天记录、证人证言等，证明资金减少的事实及原因。
     
   • 协商解决：若属单方擅自处分，可先与对方沟通，要求返还或补偿；若协商无果，可向法院提起诉讼，请求分割共同财产或赔偿损失。
     
   • 刑事报案：若怀疑资金被盗窃或诈骗，需立即向公安机关报案，追究犯罪嫌疑人刑事责任，同时可提起附带民事诉讼要求赔偿。

4. 预防未来风险

   • 设立单独账户：对大额财产或个人专用资金，可设立单独账户并明确约定归属，避免混同。
     
   • 签订财产协议：通过书面协议约定夫妻财产的归属及管理方式，减少纠纷（需符合《民法典》第1065条的合法形式要件）。
     
   • 定期核对账目：建立共同账户的定期核对机制，及时发现异常交易并处理。

温馨提示：若涉及复杂情况（如资金被转移至境外、对方拒不配合等），建议进一步提供细节，我将为您分析具体法律风险及应对方案。