结论：网贷银行卡扣款失败后选择微信还款是否会产生影响，需分情况讨论，主要取决于贷款合同约定、还款及时性以及贷款机构的具体操作流程。以下为具体分析：

1. 合同约定优先
   首先需查看贷款合同中关于还款方式的条款。若合同明确约定“仅允许通过绑定银行卡自动扣款”，则通过微信还款可能构成还款方式违约，贷款机构有权主张该还款无效，甚至可能以“未按时足额还款”为由收取逾期费用或上报征信。
   建议：立即核对合同条款，若合同未禁止其他还款方式，微信还款通常有效；若合同有明确限制，需优先通过合同约定方式还款。

2. 还款时效性是关键
   即使银行卡扣款失败，若在还款日当天或宽限期内通过微信完成还款，且资金实际到账时间未延迟，通常不会产生逾期记录。但需注意：

   • 微信还款可能存在到账延迟（如跨行转账、系统处理时间），若因延迟导致贷款机构未在还款日收到资金，仍可能被认定为逾期；
     
   • 部分贷款机构对“还款成功”的认定以资金实际入账为准，而非用户操作时间。
     建议：还款后立即联系贷款机构客服，确认还款状态并留存凭证（如转账记录、聊天记录），避免因系统问题导致纠纷。

3. 贷款机构的操作灵活性
   实践中，部分贷款机构为降低坏账率，会允许借款人通过其他方式补还欠款（如微信、支付宝等），但可能要求借款人主动报备或签署补充协议。若未报备直接还款，贷款机构可能因系统未同步更新而误判为逾期。
   建议：还款前通过官方客服、APP或合同中的联系方式，明确告知贷款机构“因银行卡问题需通过微信还款”，并保留沟通记录。

4. 逾期后果的预防
   若因银行卡扣款失败且未及时通过微信还款导致逾期，可能面临以下后果：

   • 贷款机构收取逾期罚息（通常为约定利率的1.5倍）；
     
   • 逾期记录上报央行征信系统，影响个人信用；
     
   • 贷款机构可能通过短信、电话催收，甚至采取法律手段追偿。
     建议：若已逾期，立即通过微信还款并联系贷款机构说明情况，争取减免罚息或撤销征信记录；若协商无果，可依据《民法典》第六百七十五条（借款人还款义务）及第六百七十六条（逾期利息）主张自身权益。

总结：银行卡扣款失败后选择微信还款本身不必然产生负面影响，但需确保还款方式符合合同约定、资金及时到账，并主动与贷款机构沟通。若已因还款问题产生纠纷，可进一步向我咨询具体应对方案。