员工申请劳动仲裁的后果具有多面性，既有积极的一面，也可能带来一些潜在挑战，具体如下：
积极影响
维护合法权益：
- 劳动仲裁是员工维护自身劳动权益的重要途径。当员工认为自己的合法权益受到侵害，如工资拖欠、加班费未支付、违法解除劳动合同等，可以通过劳动仲裁来寻求法律救济。例如，若员工被无故辞退，劳动仲裁可能裁决公司支付赔偿金，以弥补员工的经济损失。
增强法律意识：
- 参与劳动仲裁的过程也是员工学习和了解劳动法律法规的过程。这有助于员工在未来的工作中更加自觉地遵守法律法规，同时提高自我保护意识，避免类似纠纷的再次发生。
促进劳动关系和谐（在合理维权前提下）：
- 虽然劳动仲裁可能短期内导致员工与公司关系紧张，但从长远看，通过劳动仲裁解决争议，可以明确双方的权利义务，避免矛盾进一步激化，有助于维护企业与员工之间的和谐关系，这对于企业的稳定发展和员工的职业成长都是有益的。不过，这一积极影响的前提是员工合理维权，且公司愿意正视并解决问题。
获得经济补偿或赔偿：
- 如果劳动仲裁裁决支持员工的诉求，员工可能会获得相应的经济补偿或赔偿，如拖欠的工资、加班费、经济赔偿金等。这有助于员工弥补因公司违法行为而遭受的损失。
潜在挑战与风险
时间成本：
- 劳动仲裁程序可能需要一定的时间来处理，包括提交申请材料、等待受理、开庭审理等环节。这可能会占用员工的时间和精力，影响正常工作和生活。例如，一个复杂的劳动仲裁案件可能需要数月甚至更长时间才能结案。
证据收集难度：
- 在劳动仲裁中，员工需要提供充分的证据来支持自己的诉求。然而，有时证据的收集可能比较困难，特别是当涉及口头约定或未签订书面合同时。如果证据不足，可能会影响仲裁结果，导致员工败诉。
与企业关系紧张：
- 申请劳动仲裁可能会导致员工与企业之间的关系变得紧张。即使最终胜诉，员工也可能面临被穿小鞋、排挤甚至被辞退的风险（需注意的是，这种报复行为本身是违法的，员工可以依法维权）。因此，在决定申请劳动仲裁前，员工需要权衡利弊并考虑可能的后果。
对未来找工作的影响（相对较小且逐渐减弱）：
- 虽然劳动仲裁本身不会直接影响员工的个人信用记录或未来的就业机会，但某些企业在招聘时可能会对有过劳动仲裁经历的员工持谨慎态度。然而，这并非普遍现象，且随着劳动法律法规的普及和职场环境的改善，这种情况正在逐渐减少。合理的维权行为通常不会对新工作入职造成实质性障碍。
仲裁裁决的执行与后续诉讼
- 执行义务：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，双方当事人需按期履行生效的调解书、裁决书。若公司逾期不履行，员工可向法院申请执行，公司可能面临扣押、冻结、划拨财产等强制措施。
- 诉讼权利：若员工或公司对仲裁裁决不服，可在收到裁决书后十五日内向法院提起诉讼。诉讼过程中，双方需继续参与并遵守法院裁判，这可能进一步延长纠纷解决时间并增加成本。
综合建议：在面临劳动争议时，员工应首先尝试通过协商和调解解决；若无法达成一致，再依法申请劳动仲裁。申请前需充分评估时间成本、证据收集难度及与企业关系变化等风险，并做好充分准备。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。