在处理民间借贷纠纷时，若借款超过了三年的诉讼时效，法院的判决将主要依据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定，并会综合考虑被告是否提出诉讼时效抗辩以及是否存在诉讼时效中断、中止等法定事由。以下是对此问题的详细解答：

一、诉讼时效的基本概念与法律后果

诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即可能在某种程度上丧失请求利益的时效制度。根据《民法典》的规定，民间借贷纠纷的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道自己的权利受到损害以及义务人之日起计算。诉讼时效期间届满后，债务人可以提出不履行义务的抗辩，债权人将丧失通过法律途径强制债务人履行债务的胜诉权，但债权本身并不消灭。

二、法院对超过诉讼时效民间借贷纠纷的判决原则

1. 被告提出诉讼时效抗辩

   • 若被告在诉讼中明确提出诉讼时效抗辩，并且法院审查后确认该抗辩成立，即确实存在诉讼时效期间届满的情形，法院将判决驳回原告的诉讼请求。这意味着，原告将无法通过司法程序实现其债权，除非债务人自愿履行。

2. 被告未提出诉讼时效抗辩

   • 若被告在诉讼中未提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查和适用诉讼时效的规定进行裁判。此时，法院将根据案件事实和法律规定，对债权债务关系进行正常审理，并可能作出要求债务人履行还款义务的判决。

三、诉讼时效中断、中止与重新计算的情形

在民间借贷纠纷中，存在一些法定事由可以导致诉讼时效的中断、中止或重新计算，从而影响法院的判决。

1. 诉讼时效中断

   • 根据《民法典》的规定，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：

     • 权利人向义务人提出履行请求；
     • 义务人同意履行义务；
     • 权利人提起诉讼或申请仲裁；
     • 与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。

   • 例如，若借款人在诉讼时效期间内向出借人出具还款承诺书，即构成诉讼时效中断，出借人在此后合理时间内起诉，法院将认定诉讼未超时效。

2. 诉讼时效中止

   • 在诉讼时效期间的最后六个月内，因下列障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止：

     • 不可抗力；
     • 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权；
     • 继承开始后未确定继承人或者遗产管理人；
     • 权利人被义务人或者其他人控制；
     • 其他导致权利人不能行使请求权的障碍。

   • 自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。

四、特殊情况下的处理

1. 自愿履行

   • 即使诉讼时效期间届满，债务人仍然可以选择自愿履行债务。在这种情况下，债务人不得以不知诉讼时效届满为由请求返还已履行的款项。

2. 分期履行债务

   • 对于分期履行债务的借款合同，如果部分债务已过诉讼时效，而部分债务未过，法院可能会分别处理。已过诉讼时效的部分，债务人可以行使抗辩权；未过诉讼时效的部分，法院将依法判决。

五、总结与建议

在处理民间借贷纠纷时，诉讼时效是关乎权利人能否成功追讨借款的关键问题。因此，建议债权人在借款发生后及时主张权利，并保留好相关证据，以避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权的风险。同时，债务人也应积极履行还款义务，以减少不必要的法律纠纷。在涉及诉讼时效问题时，咨询专业律师以获取准确法律意见尤为重要。