结论：厂区电动车载人罚款1000元是否合法，需结合具体情形判断，不能一概而论。 以下分情况详细说明：

1. 若厂区属于“内部道路”且无地方性法规明确禁止

根据《道路交通安全法》第119条，“道路”指公路、城市道路及虽在单位管辖范围但允许社会机动车通行的地方。若厂区道路完全封闭、禁止外部车辆进入（如仅限员工、物流车辆通行），则不属于法律定义的“道路”，此时厂区管理方（如企业）制定的内部规则（如禁止载人）属于自主管理权范畴，罚款的合法性需满足：

• 规则制定程序合法：需通过职工代表大会或工会协商确定，并公示告知员工；
  
• 罚款额度合理：根据《企业职工奖惩条例》（已废止，但实践中参考），罚款一般不超过月工资的20%，1000元可能过高，需结合员工工资水平判断；
  
• 执行主体合法：罚款应由企业行政部门执行，而非保安等个人。
  

若企业未满足上述条件，罚款可能因程序违法或额度过高被认定无效。

2. 若厂区道路属于“法律意义上的道路”

若厂区道路允许社会车辆通行（如与外部道路连通、有公共交通停靠），则属于《道路交通安全法》管辖范围。此时：

• 法律依据：根据《道路交通安全法》第89条，行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规的，处警告或5-50元罚款；
  
• 罚款1000元的合法性：明显违法，因法律明确规定非机动车载人的罚款上限为50元，企业或交警部门无权突破此限额。
  

若厂区道路被认定为公共道路，罚款1000元可直接主张违法并要求撤销。

3. 地方性法规的特殊规定

部分地区（如深圳、上海）通过地方性法规对电动车载人作出更严格限制（如“载人需配备安全座椅”），并可能提高罚款额度。但：

• 罚款上限仍需合理：即使地方性法规授权，罚款1000元也需符合《行政处罚法》中“过罚相当”原则（即罚款与违法行为危害性相当）；
  
• 需以正式处罚决定书为依据：若企业以“内部规定”为由直接罚款，而非通过交警部门依据地方性法规处罚，则仍需按上述第1、2点分析。
  

建议行动：

1. 确认厂区道路性质（是否允许社会车辆通行）；
   
2. 查看企业规章制度或地方性法规的具体条款；
   
3. 若认为罚款违法，可向企业申诉、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁（针对企业罚款），或向交警部门申请复议（针对行政处罚）。
   

如有进一步细节（如罚款主体、厂区道路开放程度等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。