关于上夜班12小时是否合法的问题，结论需分情况讨论，具体如下：

1. 若每日工作时间不超过法定上限，且符合工时制度规定，则合法

根据《劳动法》第三十六条，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时。但第三十九条同时规定，企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可实行其他工时制度（如综合计算工时制或不定时工作制）。
关键点：

• 若企业已申请并获批综合计算工时制，且在一个综合计算周期内（如周、月、季）总工时未超法定标准（如月总工时≤176小时），则单日12小时工作可能合法。
  
• 例如：某企业实行以月为周期的综合计算工时制，员工某日工作12小时，但当月总工时未超过176小时，且已支付加班费或安排补休，则符合规定。

2. 若未获批特殊工时制，或单日/月工时超标，则违法

• 单日超时：即使未超过月总工时，单日工作12小时已超出标准工时制下的8小时上限，属于延长工作时间。根据《劳动法》第四十一条，企业因生产经营需要延长工时的，需与工会和劳动者协商，且每日不得超过1小时（特殊原因下不得超过3小时，每月累计不得超过36小时）。
  违法情形：单日工作12小时，即使月总工时未超标，也因单日超时3小时（12-8=4，超出法定延长上限1小时）而违法。
  
• 月总工时超标：若未实行综合计算工时制，月总工时超过176小时（标准工时制下），超出部分均属违法延长工时。

3. 加班费或补休的支付义务

即使工时合法，企业仍需支付加班费或安排补休：

• 工作日延长工时：支付不低于工资150%的加班费；
  
• 休息日工作且未补休：支付不低于工资200%的加班费；
  
• 法定节假日工作：支付不低于工资300%的加班费。
  示例：员工日工资为200元，某日工作12小时（其中4小时为延长工时），则加班费为200元÷8小时×4小时×150%=150元。

4. 劳动者维权建议

• 收集证据：保存考勤记录、工资条、劳动合同等材料，证明工时及加班费支付情况。
  
• 协商解决：与企业沟通，要求调整工时或补发加班费。
  
• 投诉举报：向当地劳动监察部门投诉（如12333热线），或申请劳动仲裁主张权益。

总结：上夜班12小时是否合法，需结合工时制度、总工时及加班费支付情况综合判断。若企业未依法申请特殊工时制，或单日/月工时超标且未支付加班费，则涉嫌违法。如有疑问，可直接向我咨询具体细节。