若协议合法有效且符合过户条件，法院一般会判决对方继续履行协议并配合办理房屋过户登记。具体分析如下：

1. 协议合法有效是前提：

   • 双方签订的关于房屋买卖或转让的协议，必须满足《民法典》中关于合同生效的要件，即双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或行政法规的强制性规定、不违背公序良俗。
   • 若协议存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、重大误解等），则法院可能不会直接判决继续履行，而是会先对协议的效力进行认定。

2. 符合过户条件是关键：

   • 房屋过户不仅需要双方协议合法有效，还需要房屋本身不存在过户障碍，如房屋未被查封、抵押或存在其他权属争议。
   • 若房屋因政策原因（如限购、限售）或房屋本身性质（如小产权房、经济适用房等）无法过户，法院可能无法直接判决过户，而是会考虑其他救济方式，如赔偿损失等。

3. 法院判决的考量因素：

   • 法院在判决时会综合考虑双方协议的履行情况、过错程度、实际损失等因素。
   • 若对方不配合过户无正当理由，且继续履行协议不会对对方造成不公平或难以实现的负担，法院一般会支持继续履行并过户的请求。
   • 若对方存在合理抗辩（如买方未支付全部房款、存在违约行为等），法院可能会根据具体情况调整判决内容，如要求买方先履行付款义务后再过户等。

4. 判决后的执行问题：

   • 若法院判决对方继续履行协议并配合过户，但对方仍拒不履行，买方可以申请法院强制执行。
   • 强制执行过程中，法院可以采取多种措施，如查封、拍卖房屋（在极端情况下，若对方仍不配合且房屋可处置），或对对方采取罚款、拘留等强制措施。

建议：若遇到对方不配合过户的情况，建议先与对方协商，了解其不配合的具体原因，并尝试通过协商解决。若协商无果，应及时向法院提起诉讼，并准备好相关证据材料（如协议、付款凭证、沟通记录等），以维护自己的合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。