品牌方入驻京东自营后与用户发生纠纷，并不一定只能以京东的名义起诉用户，具体取决于纠纷的性质、合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同关系角度：

   • 品牌方与京东之间通常存在入驻协议或合作协议，这些协议中会明确双方的权利义务关系，包括纠纷解决方式。如果协议中明确规定，在涉及用户纠纷时，品牌方需通过京东的名义进行诉讼或采取其他法律行动，那么品牌方可能需要遵循这一约定。
   • 然而，如果协议中没有此类明确规定，或者规定品牌方有权自行处理与用户的纠纷，那么品牌方就有权以自己的名义起诉用户。

2. 法律关系角度：

   • 在用户与京东的交易过程中，用户通常与京东形成买卖合同关系。如果纠纷涉及的是买卖合同本身的问题，如商品质量、交付等，那么京东作为合同的一方，有权也有义务处理这些纠纷。
   • 但如果纠纷涉及的是品牌方的知识产权（如商标权、专利权等）被侵犯，或者品牌方与用户之间存在其他独立的法律关系（如品牌授权使用、售后服务等），那么品牌方就有权以自己的名义起诉用户，维护自己的合法权益。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，品牌方可能会考虑到与京东的合作关系、诉讼成本、效率等因素，选择通过京东的名义进行诉讼或采取其他法律行动。但这并不意味着品牌方没有以自己名义起诉的权利。
   • 如果品牌方决定以自己的名义起诉用户，它需要确保自己具备足够的证据来支持其主张，并遵循相关的诉讼程序和法律规定。

建议：

• 品牌方在入驻京东自营前，应仔细阅读并理解入驻协议或合作协议中的纠纷解决条款，明确自己在涉及用户纠纷时的权利和义务。
• 在发生纠纷时，品牌方应根据纠纷的性质、合同约定以及相关法律法规的规定，选择合适的诉讼主体和诉讼策略。
• 如果品牌方对诉讼主体或诉讼策略有疑问，可以咨询专业的法律人士，以获取更具体、更专业的建议。

如有任何进一步的法律疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。