当著作权侵权案件被移交至检察院时，案件已经进入了刑事司法程序的审查起诉阶段。以下是对这一阶段及后续流程的详细解答：
一、审查起诉阶段
检察院的职责：
- 检察院会对公安机关移送过来的案件进行全面、细致的审查。这包括审查案件材料、证据是否充分、合法，以及是否满足起诉条件。
- 检察院会决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉。如果认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，检察院会向人民法院提起公诉。
犯罪嫌疑人的权利：
- 在这一阶段，犯罪嫌疑人（如小李）有权委托辩护人进行辩护，维护自己的合法权益。
- 犯罪嫌疑人有权了解案件的相关情况，包括指控的罪名、证据等，并可以对指控进行辩解。
二、审判阶段
法院的审理：
- 如果检察院决定提起公诉，案件将移送至人民法院进行审理。
- 法院将依法组成合议庭，对案件进行开庭审理。开庭审理包括法庭调查、法庭辩论等环节，以确保案件的公正、公开审理。
判决与刑罚：
- 法院将根据审理查明的事实和证据，依法作出判决。如果认定被告人构成侵犯著作权罪，法院将判处相应的刑罚，如有期徒刑、拘役等，并可能并处或者单处罚金。
- 法院在判决时会充分考虑被告人的犯罪情节、悔罪表现等因素，以确保刑罚的公正性和合理性。
三、注意事项
区分罪名：
- 在处理著作权侵权案件时，需要与其他相关犯罪（如盗版、假冒注册商标等）进行区分，以确保案件的准确定性。
尊重权利：
- 在整个司法程序中，应充分尊重犯罪嫌疑人的合法权益，包括辩护权、知情权等。
积极配合：
- 作为著作权人或相关权利人，应积极配合公安机关、检察院和法院的工作，提供必要的证据和信息，以协助案件的顺利办理。
综上所述，当著作权侵权案件移交检察院时，意味着案件已经进入了刑事司法程序的下一个阶段。在这一阶段及后续流程中，检察院和法院将依法对案件进行审查和处理，以确保法律的公正实施和著作权的保护。同时，犯罪嫌疑人和相关权利人也应积极配合司法程序，维护自己的合法权益。