核心结论：国企子公司借调集团本部门员工超过6个月，可能涉及劳动法律关系、企业内部管理规定以及借调协议履行等多方面问题，需根据具体情况采取相应措施。以下分情况说明：

1. 若借调协议有明确约定借调期限及后续处理方式
   首先应审查借调协议的具体条款。若协议中明确约定了借调期限（如6个月）及期限届满后的处理方式（如返回原单位、续签借调协议、调整劳动关系等），则双方应严格按照协议约定履行。

   • 若协议约定期限届满后员工应返回原单位，但子公司未安排返回，员工可与子公司及集团本部门沟通，要求按协议执行；若沟通无果，可依据协议向劳动争议仲裁机构申请仲裁，主张返回原单位或要求子公司承担违约责任。
     
   • 若协议约定期限届满后可续签借调协议，但双方未就续签达成一致，员工同样可要求返回原单位或依据原协议主张权利。

2. 若借调协议未明确约定借调期限或后续处理方式
   若借调协议未对借调期限或期限届满后的处理作出明确约定，则需依据相关法律法规及企业内部规定处理。

   • 根据《劳动合同法》及相关规定，借调行为本质上属于劳动合同的变更或特殊履行方式，需双方协商一致。若借调期限超过6个月且未协商一致，员工有权拒绝继续借调，并要求返回原单位或与原单位协商调整工作岗位、薪酬等。
     
   • 若员工同意继续借调，建议子公司与集团本部门及员工三方签订补充协议，明确借调期限、工作内容、薪酬待遇等，以避免后续纠纷。

3. 若借调行为涉及劳动关系转移
   若借调期间子公司实际承担了员工的管理职责、支付薪酬等，且员工与原单位（集团本部门）的劳动关系已实质性转移至子公司，则可能构成劳动关系的变更或转移。

   • 此时，子公司应与员工签订新的劳动合同，明确双方的权利义务；若未签订，员工可依据《劳动合同法》要求子公司签订书面劳动合同或主张未签合同的双倍工资差额。
     
   • 若借调期满后员工需返回原单位，但子公司未办理相关手续，员工可要求子公司协助办理返回手续，并确保原单位接收；若原单位拒绝接收，员工可依据企业内部规定或相关法律法规主张权利。

建议措施：

• 员工应首先审查借调协议及相关文件，明确双方的权利义务及借调期限；
  
• 与子公司及集团本部门沟通，了解借调期满后的安排及依据；
  
• 若沟通无果或存在争议，可收集相关证据（如借调协议、工作记录、薪酬支付凭证等），向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼；
  
• 在处理过程中，注意保留书面沟通记录、证据材料等，以维护自身合法权益。
  

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