侵权人对不同商标的多个侵权行为，通常可以在一个案件中起诉。以下从不同角度为你详细分析：

法律原则与规定角度

从民事诉讼的基本原则来看，这符合“一事不再理”原则的灵活运用以及诉讼效率原则。虽然“一事不再理”原则通常指对同一案件、同一事实和理由，法院作出判决后，当事人不得再次起诉。但在商标侵权案件中，如果侵权人针对不同商标实施了多个侵权行为，这些行为虽然涉及不同商标，但往往基于相同的侵权模式、手段或目的，存在内在的关联性。

根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人可以在一个诉讼中主张多个诉讼请求，只要这些请求之间存在合理的关联性。在商标侵权案件中，多个不同商标的侵权行为可以视为基于同一侵权事实（即侵权人的整体侵权行为）而产生的多个损害后果，因此可以在一个案件中一并起诉。

实际操作与案例角度

在实际操作中，将多个不同商标的侵权行为在一个案件中起诉，有利于法院全面审查侵权人的整体侵权行为，避免对同一侵权人的多个侵权行为进行分散审理，从而提高诉讼效率，降低当事人的诉讼成本。

例如，某侵权人同时生产、销售了侵犯多个商标权的商品，这些商品虽然商标不同，但生产、销售渠道、侵权手段等均相同。在这种情况下，商标权人可以将这些侵权行为在一个案件中起诉，要求侵权人承担停止侵权、赔偿损失等法律责任。法院在审理时，可以综合考虑侵权人的整体侵权行为，对侵权事实进行全面认定，并作出公正的判决。

注意事项与建议

1. 证据收集：在将多个不同商标的侵权行为在一个案件中起诉时，需要充分收集证据，证明侵权人实施了多个侵权行为，以及这些行为之间的关联性。证据可以包括侵权商品、销售记录、广告宣传资料、证人证言等。
2. 诉讼请求明确：在起诉时，需要明确列出每个商标的侵权行为以及对应的诉讼请求，如停止侵权、赔偿损失等。这有助于法院在审理时清晰了解当事人的诉求，并作出准确的判决。
3. 法律适用准确：在起诉时，需要准确适用相关法律法规，如《中华人民共和国商标法》、《中华人民共和国反不正当竞争法》等。这有助于法院在审理时正确认定侵权事实，并依法作出判决。

如果你遇到侵权人对不同商标实施多个侵权行为的情况，可以将这些行为在一个案件中起诉。在起诉过程中，注意收集充分证据、明确诉讼请求以及准确适用法律。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。