针对同一违法行为涉及两个涉案主体如何立案的问题，核心结论是需根据违法行为性质、主体关系及法律规范综合判断立案方式，可能采取“分别立案”或“合并立案”两种模式。以下从法律逻辑和实务操作角度展开分析：

一、分别立案：适用于主体行为独立或法律明确区分责任的情形

若两个涉案主体在违法行为中实施了独立的行为，或法律明确规定需分别追究责任（如共同犯罪中主犯与从犯的区分），公安机关/检察机关通常会对每个主体单独立案。例如：

1. 行为独立性：A公司生产假冒商品，B公司销售该商品且不知情（无共同故意），此时对A以“生产伪劣产品罪”立案，对B以“销售伪劣产品罪”立案（若明知则可能合并）。
2. 法律明确区分：如《刑法》第25条对共同犯罪的规定，若两主体构成共同犯罪但责任不同（如组织者与参与者），可能分别立案并标注关联性。

实务操作：公安机关会制作两份《立案决定书》，分别载明涉案主体、涉嫌罪名及基本事实，后续侦查中需注意证据的关联性（如证明两主体行为与违法结果的因果关系）。

二、合并立案：适用于主体行为紧密关联或法律要求整体追责的情形

若两个涉案主体共同实施违法行为（如共同故意犯罪），或法律明确要求将多主体视为一个整体追责（如单位犯罪中直接负责的主管人员与其他责任人员），通常会合并立案。例如：

1. 共同犯罪：甲、乙合谋盗窃，共同实施踩点、望风、行窃等行为，公安机关会以“盗窃罪”对两人合并立案，并在案卷中注明各自作用。
2. 单位犯罪：A公司通过虚开发票骗取税款，法定代表人张某与财务总监李某均参与决策，公安机关会以“虚开增值税专用发票罪”对A公司及张某、李某合并立案（单位与直接责任人员并罚）。

实务操作：公安机关会制作一份《立案决定书》，载明所有涉案主体及涉嫌罪名，并在侦查中重点调查共同故意或行为关联性（如聊天记录、分工协议等）。

三、关键判断标准：行为关联性与法律规范

无论分别立案还是合并立案，核心判断依据是：

1. 行为关联性：两主体行为是否构成违法行为的完整链条（如生产+销售、策划+实施）；
2. 法律规范：具体罪名是否要求追究多主体责任（如共同犯罪、单位犯罪条款）；
3. 责任独立性：是否存在某一主体无需承担责任的情形（如善意第三人）。

建议：若您遇到此类问题，可进一步提供违法行为的具体类型（如经济犯罪、职务犯罪等）、两主体的行为模式（如是否共谋、分工）及涉案证据情况，我将结合《刑事诉讼法》《刑法》及相关司法解释，为您分析立案的合法性与后续程序要点。