当女员工怀孕且不能胜任工作时，这是一个需要用人单位依法、合理且谨慎处理的问题，既要确保企业的正常运营，也要充分保障女职工的合法权益。以下是对此问题的详细解答：
一、明确不能胜任工作的事实
首先，用人单位需要有一套明确、合理且合法的岗位职责和工作标准，并且这些标准需要已经向员工进行了公示或告知。在判断女员工是否胜任工作时，应该基于客观、可量化的指标，比如业绩数据、工作失误记录以及客户投诉等，避免主观臆断，确保判断的公正性和准确性。
二、采取合理措施进行调整
减轻工作量： 根据《女职工劳动保护特别规定》的相关条款，如果怀孕女员工因为身体状况无法适应原来的劳动强度，用人单位应该依据医疗机构的证明，适当减轻其工作量，以确保女员工的健康以及胎儿的安全。
提供培训： 用人单位可以为怀孕女员工提供针对性的培训，帮助她们提升技能，以便更好地符合岗位要求。培训内容需要与工作紧密相关，同时培训方式和时间也需要考虑女员工的身体状况，避免过度劳累。
调岗安排： 如果经过培训后，女员工仍然不能胜任原工作，用人单位可以考虑调整其工作岗位。新岗位的工作强度和环境需要适合怀孕女员工，同时薪酬待遇应该与新岗位的职责相匹配，且不得降低基本工资。调岗决定需要以书面形式通知女员工，并明确新岗位的职责、工作地点以及薪资等信息。
特殊保护： 对于怀孕7个月以上的女员工，用人单位不得延长其劳动时间或安排夜班劳动，同时需要在劳动时间内为其安排一定的休息时间。此外，还应避免安排女员工从事禁忌劳动，如接触有毒物质、高温作业等。
三、再次评估与沟通协商
在调整工作内容或岗位后，用人单位应该在合理的时间内对怀孕女员工进行再次评估，确保她们能够胜任新工作。评估过程需要客观公正，并有明确的记录和证据。同时，用人单位应该与女员工保持密切的沟通，了解她们的身体状况和工作需求，共同协商解决方案。
四、谨慎解除劳动合同
如果经过培训、调岗以及再次评估后，女员工仍然不能胜任工作，用人单位在考虑解除劳动合同时必须极为谨慎。根据《劳动合同法》的规定，用人单位需要提前三十日以书面形式通知女员工本人，或者额外支付一个月工资后，方可解除劳动合同。在此过程中，解除劳动合同的理由、依据等需要以书面形式清晰、准确地告知女员工，并依法支付经济补偿。特别需要注意的是，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得随意解除劳动合同，除非严格符合法律规定的条件和程序。
五、保障薪资待遇与合法权益
在整个处理过程中，用人单位必须保障怀孕女员工的薪资待遇不变，不得因为岗位调整或工作量减轻而降低其工资。同时，用人单位应严格遵守相关法律法规，不得因为女员工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或与其解除劳动合同。
综上所述，当女员工怀孕且不能胜任工作时，用人单位应该依法采取培训、调岗等合理措施，确保女员工的合法权益不受侵害。同时，女员工也应该了解自己的法律权益，并在必要时通过合法途径维护自己的利益。