结论：迟到一天扣三天工资的做法，一般是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律依据

根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。” 这一规定明确了用人单位在扣除劳动者工资时的限制条件，即扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。迟到一天扣三天工资的做法，显然超出了这一限制，因此是不合法的。

二、合理性分析

1. 比例原则：从合理性角度来看，迟到一天扣三天工资的做法违背了比例原则。劳动者迟到一天，其给用人单位造成的损失通常是有限的，而扣除三天工资则远远超出了这一损失范围，对劳动者来说是不公平的。

2. 激励与惩罚平衡：用人单位在制定规章制度时，应兼顾激励与惩罚的平衡。过度的惩罚措施可能会打击劳动者的工作积极性，甚至导致劳动者离职，对用人单位的长远发展不利。

三、实际操作建议

1. 与用人单位协商：如果劳动者遇到迟到一天扣三天工资的情况，首先可以尝试与用人单位进行协商，说明这一做法的不合理性，并寻求合理的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的诉求，劳动者还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

四、可能后果

如果用人单位坚持执行迟到一天扣三天工资的制度，可能会面临以下后果：

1. 支付赔偿金：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位如果违法扣除劳动者工资，劳动者有权要求用人单位支付赔偿金。

2. 声誉受损：用人单位的这一做法可能会引发劳动者的不满和抵制，进而影响用人单位的声誉和形象。

3. 法律纠纷：用人单位还可能因此陷入法律纠纷，增加不必要的法律成本和风险。

总结与建议：迟到一天扣三天工资的做法是不合法的，用人单位应遵守相关法律法规，制定合理的规章制度。劳动者在遇到此类情况时，应积极与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。