若运政部门发现被法院查封的车辆，通常不会直接处理车辆本身，而是会联系法院或相关执法部门，按照法律程序进行处置，具体处理方式需根据车辆查封原因、状态及运政部门发现时的具体情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 运政部门的职责与权限
   运政部门（如交通运输管理部门）主要负责道路运输市场的监管，包括车辆运营资质、驾驶员资格、运输安全等方面的检查。其本身并无直接处置被法院查封车辆的权力，但若在执法过程中发现车辆存在违法运营行为（如无证营运、超载等），可依法对违法行为进行处罚（如罚款、扣留车辆运营证件等），同时需将车辆被查封的情况通报法院或相关执法部门。

2. 车辆被查封的法律状态
   法院查封车辆通常是为了保障债权实现或执行判决，查封期间车辆所有权仍属于被执行人，但车辆不得转让、抵押或进行其他处分行为。若运政部门发现被查封车辆正在运营，需先确认车辆是否处于查封状态（可通过车辆登记信息、法院协助执行通知书等核实），若确认查封，则需立即停止对车辆运营资质的处罚程序（如避免以“无证营运”为由扣车），转而联系法院或执行部门，由法院决定是否需要进一步采取措施（如扣押、拍卖等）。

3. 运政部门与法院的协作程序
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院查封车辆后，需向车辆管理部门（如车管所）送达协助执行通知书，禁止车辆办理过户、抵押等手续。若运政部门在执法中需扣留车辆（如因安全违法），应先查询车辆状态，若发现被查封，需及时与法院沟通，由法院决定是否允许扣留或需采取其他执行措施。若运政部门未经法院同意擅自处置被查封车辆（如拍卖、报废），可能构成妨碍执行，需承担法律责任。

4. 特殊情况处理

   • 车辆查封后仍被运营：若运政部门发现被查封车辆仍在从事运营活动，可先固定违法证据（如运营记录、乘客证言等），同时联系法院说明情况，由法院决定是否对车辆采取进一步控制措施（如实际扣押）。
     
   • 运政部门需扣留车辆：若因安全原因必须扣留车辆（如车辆存在重大安全隐患），运政部门应立即通知法院，并在法院指导下处理车辆，避免因擅自处置引发法律纠纷。

建议：若您是车辆所有权人或相关利害关系人，发现车辆被运政部门扣留或面临处置，应第一时间向运政部门说明车辆被查封的情况，并要求其联系法院确认处理方式；若运政部门未依法处理，可向法院申请执行异议或通过法律途径维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合事实为您提供详细分析。