针对您提出的企业间合同纠纷如何在网上通过微信小程序进行起诉的问题，虽然直接通过微信小程序完成整个起诉流程可能因地区和具体法院的规定而有所不同，但我可以为您概述一个基于常规流程的、结合线上操作的指导方案。
一、明确被告与诉讼请求
首先，您需要仔细分析合同条款，确定违约方（即被告）及其应承担的责任。基于这些分析，提出明确的诉讼请求，比如要求支付违约金、赔偿损失、继续履行合同或解除合同等。
二、准备起诉材料（线上准备部分）
起诉状：虽然起诉状通常需要以书面形式提交，但您可以在电脑上撰写好起诉状，内容需详细阐述纠纷事实、理由及诉讼请求，并写明原告和被告的基本信息。之后，您可以将其打印出来签字盖章，或者如果法院支持电子签名，您也可以直接在电子文档上签名。
证据材料：收集并整理好所有与合同纠纷相关的证据材料，如合同文本、发货单、收货单、付款凭证、往来函件、电子邮件、聊天记录等。这些证据材料可以扫描或拍照成电子版，以便后续上传至法院的线上诉讼平台。
主体资格证明：准备好原告企业的营业执照副本复印件、法定代表人身份证明书及身份证复印件的电子版，以及查询并保存好被告企业的工商登记信息的电子版或截图。
三、线上提交起诉材料
查找法院线上诉讼平台：不同地区的法院可能有不同的线上诉讼平台或微信小程序，如“中国移动微法院”等。您需要通过微信搜索并进入您所在地区法院的官方线上诉讼平台或小程序。
注册并登录：按照平台提示进行注册，并使用您的企业账号登录。
提交起诉材料：在平台上找到“立案”或“起诉”等相关选项，按照提示填写案件信息，并上传您准备好的起诉状、证据材料和主体资格证明等电子版文件。
四、等待法院审查与反馈
提交起诉材料后，您需要等待法院对材料的审查。法院可能会通过线上平台或电话与您联系，要求您补充或修改材料。请保持通讯畅通，并及时响应法院的要求。
五、缴纳诉讼费用（线上支付）
如果起诉材料齐全且符合立案条件，法院将受理案件并出具受理通知书，同时告知您缴纳案件受理费的金额和期限。您可以通过法院指定的线上支付方式（如微信支付、支付宝等）缴纳费用。
六、后续流程
缴纳诉讼费用后，您将进入送达与答辩、开庭审理、判决与执行等后续流程。这些流程的具体操作可能因法院规定而有所不同，但通常都可以通过线上平台进行查询和操作。
注意事项：
在整个起诉流程中，请确保您提供的所有信息都是真实、准确和完整的。
考虑聘请专业的律师来代理诉讼事务，以提高胜诉率和效率。律师可以为您提供专业的法律建议和指导，帮助您更好地处理复杂的法律问题和程序。
密切关注法院的线上通知和公告，及时参与庭审活动并配合法院的工作。
希望这个指导方案能对您有所帮助。如果您在操作过程中遇到任何问题或困难，建议直接联系您所在地区法院的立案庭或咨询专业律师以获取更具体的帮助和指导。