结论：在没有房产证的情况下，你们可以另外写一个协议来明确房屋的相关权益，但该协议的效力及执行可能会受到一定影响，具体需结合实际情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、协议的法律基础与效力
协议的法律基础：
- 协议，作为双方意思表示一致的产物，在法律上通常被视为合同的一种形式。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方具备相应的民事行为能力，该协议即具有法律效力。
无房产证对协议效力的影响：
- 房产证是房屋所有权的法定证明文件。在没有房产证的情况下，房屋的所有权归属可能存在争议或不明确。这并不意味着你们不能签订关于房屋的协议，但协议的效力及执行可能会受到一定影响。
- 如果协议内容涉及房屋所有权的转移、分割或设定他项权利等，由于缺乏房产证作为权属证明，这些条款在法律上可能难以得到完全认可和执行。
二、协议内容与注意事项
协议内容：
- 你们可以在协议中明确房屋的现状、使用情况、权益分配、未来权属变更的意向等。例如，可以约定房屋由谁居住、使用，产生的收益如何分配，以及未来在具备办理房产证条件时如何办理等。
注意事项：
- 明确双方身份与意愿：协议中应明确双方的身份信息，并确保双方是在自愿、平等、公平的基础上签订协议。
- 详细描述房屋情况：对房屋的位置、面积、结构、现状等进行详细描述，以便在发生争议时能够准确界定房屋范围。
- 约定违约责任：在协议中约定违约责任，以便在一方违反协议时，另一方能够依据协议追究其责任。
- 考虑未来权属变更：如果未来有可能办理房产证或房屋权属发生变更，应在协议中明确相关条款，以便顺利过渡。
三、协议的执行与风险
协议的执行：
- 协议签订后，双方应按照协议内容履行各自义务。如果一方不履行或履行不符合约定，另一方可以依据协议追究其责任。
可能的风险：
- 权属争议：由于缺乏房产证，房屋的所有权归属可能存在争议。这可能导致协议在执行过程中受到阻碍或无法完全执行。
- 第三方权益：如果房屋涉及第三方权益（如抵押、租赁等），这些权益可能会对协议的执行产生影响。
- 法律变化：未来法律的变化也可能对协议的效力及执行产生影响。因此，在签订协议时，应考虑法律变化的可能性，并尽量在协议中约定相应的应对措施。
四、建议与措施
- 咨询专业人士：在签订协议前，建议咨询房产专业人士或律师，以确保协议内容合法、有效且能够保护双方权益。
- 完善协议条款：根据房屋实际情况和双方需求，完善协议条款，确保协议内容全面、具体且具有可操作性。
- 保留相关证据：在签订协议过程中，保留好相关证据（如聊天记录、转账记录等），以便在发生争议时能够证明双方的真实意愿和协议内容。
最后，虽然在没有房产证的情况下可以签订关于房屋的协议，但协议的效力及执行可能会受到一定影响。因此，在签订协议前，请务必谨慎考虑并咨询专业人士的意见。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。