信用卡扣了违约金是否算作逾期，需根据具体情况来判断。以下从多个角度为您详细分析：

1. 一般情况下的判断：

   • 信用卡违约金通常是银行对持卡人未能在到期还款日前偿还最低还款额部分，按一定比例收取的费用。这往往意味着持卡人已经逾期未还款，即出现了透支逾期的状况。例如，若账单日为每月5号，还款日为每月25号，本期账单最低还款额是200元，而持卡人在25号未能还款，之后被扣除违约金，这通常表明已透支逾期。
   • 在这种情况下，扣除违约金不仅增加了持卡人的还款成本，还可能对个人信用记录产生负面影响，如影响未来的贷款申请、信用卡办理等。

2. 银行宽限期政策的影响：

   • 部分银行提供1-3天（或更长）的宽限期。在宽限期内还款，虽然可能不计为逾期，但持卡人仍需支付正常利息，且不会产生违约金，也不会影响个人信用记录。
   • 因此，如果持卡人能在宽限期内还清款项，即使银行之前扣除了违约金（这种情况较为罕见，通常宽限期内还款不会扣违约金），也不应算作逾期。但具体还需根据银行政策来确定。

3. 特殊情况下的判断：

   • 银行系统问题：虽然罕见，但银行系统故障可能导致误扣违约金。此时，持卡人实际上并未透支逾期，应及时联系银行说明情况，银行核实后会撤销误扣的违约金。
   • 未明确的费用规则：某些信用卡存在特殊收费项目，如账户管理费等，可能被持卡人误认为是违约金。这些费用并非因透支逾期产生，因此了解并熟悉信用卡费用规则至关重要。
   • 个性化分期还款协议：如果持卡人与银行达成了个性化分期还款协议，并严格按照协议还款，即使银行仍对之前逾期阶段产生的违约金进行扣除，此时通常不算新的逾期。因为这是对原有还款安排的一种调整。

4. 法律后果与建议：

   • 法律后果：透支逾期不仅会产生违约金和利息，还可能影响个人信用记录。长期逾期未还款，银行可能会采取法律手段追讨欠款，甚至将持卡人列入失信被执行人名单。
   • 建议：为避免不必要的麻烦和损失，建议持卡人在使用信用卡时务必注意还款日期和金额，确保账户有足够的资金进行还款。同时，熟悉并了解信用卡的合同条款和费用规则，以便在出现问题时能够及时、准确地处理。如果遇到特殊情况导致无法按时还款，应及时与银行沟通，了解宽限期政策并争取合理解决方案。

总结来说，信用卡扣了违约金是否算作逾期，需结合具体的还款情况、银行政策、合同条款以及特殊原因等因素来综合判断。持卡人应保持警惕，及时关注账户动态，确保合规使用信用卡。如有任何疑问或困惑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。