驾驶机动车超载两人，通常情况下会被扣除6分，但具体扣分情况还需根据车辆类型及超载比例来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、扣分规定
私家车（非营运客车）超载两人
- 若超载两人且超过核定承载量20%，则根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，通常会被扣除6分。
- 若未超过核定承载量20%，则可能扣3分，但这种情况较为少见，因为超载两人往往意味着超载比例较高。
7座以上载客汽车超载两人
- 对于7座以上载客汽车，超载两人即超载比例达到约28.6%（以7座车为例，超载两人即9人，超载比例为(9-7)/7≈28.6%），这一比例处于超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十的区间内。
- 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第九条的规定，驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十的，一次记6分。
公路客运车辆（营运客车）超载两人
- 驾驶公路客运车辆超载两人，无论是否超过20%，均可能面临更严厉的处罚，包括记6分或更多，具体取决于超载比例和当地执法实践。
二、罚款规定
除了记分处罚外，超载行为还会受到罚款的制裁。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条的规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。具体罚款金额由各地根据实际情况确定，但超载两人往往意味着罚款金额会相对较高，可能达到200元至2000元不等，具体取决于车辆类型、超载比例及当地执法标准。
三、其他法律后果
- 扣留车辆：对于任何类型的车辆，只要有超载行为，公安机关交通管理部门都有权扣留车辆，直至违法行为消除。
- 吊销驾驶证：若因严重超载造成交通事故，驾驶员的驾驶证可能会被吊销。
- 刑事责任：如果超载行为导致重大交通事故，造成严重后果，如人员伤亡或重大财产损失，驾驶员可能涉及刑事责任，会被依法追究刑事责任。
四、建议与总结
- 严格遵守交通法规：驾驶员应严格遵守交通法规，避免超载行为的发生，以保障行车安全和遵守法律法规。
- 了解当地执法实践：由于不同地区对超载行为的处罚力度可能有所不同，驾驶员应了解当地执法实践，以便更好地遵守交通法规。
- 及时咨询专业律师：如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，驾驶机动车超载两人通常会被扣除6分，并可能面临罚款等其他法律后果。为了保障行车安全和遵守法律法规，驾驶员应严格遵守交通规则，避免超载行为的发生。