针对药店销售回流药的问题，上级部门会根据相关法律法规进行严肃处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规依据
《中华人民共和国药品管理法》：
- 第五十三条第一款：从事药品经营活动，应当遵守药品经营质量管理规范，建立健全药品经营质量管理体系，保证药品经营全过程持续符合法定要求。
- 第五十五条：药品上市许可持有人、药品生产企业、药品经营企业和医疗机构应当从药品上市许可持有人或者具有药品生产、经营资格的企业购进药品；但是，购进未实施审批管理的中药材除外。
- 第五十六条：药品经营企业购进药品，应当建立并执行进货检查验收制度，验明药品合格证明和其他标识；不符合规定要求的，不得购进和销售。
- 第一百二十六条：对未遵守药品经营质量管理规范等行为的处罚规定。
- 第一百二十九条：对未从合法渠道购进药品等行为的处罚规定，包括责令改正、没收违法购进的药品和违法所得、罚款等。
- 第一百一十七条和第一百一十八条：对销售劣药等行为的处罚规定，包括罚款、吊销许可证、禁止从事药品生产经营活动等。
《最高人民法院、最高人民检察院、公安部关于办理医保骗保刑事案件若干问题的指导意见》：
- 对明知系利用医保骗保购买的药品而非法收购、销售的行为，以掩饰、隐瞒犯罪所得罪定罪处罚。
- 对指使、教唆、授意他人利用医保骗保购买药品进而非法收购、销售的行为，以诈骗罪定罪处罚。
医保部门相关规定：
- 如《医疗保障基金使用监督管理条例》《零售药店医疗保障定点管理暂行办法》等，对收售“回流药”各类情形予以协议管理、行政处罚、支付资格管理等处置措施。
二、处罚措施
行政处罚：
- 责令改正：要求药店立即停止销售回流药的行为，并采取措施纠正违法行为。
- 没收违法购进的药品和违法所得：对药店已购进的回流药及其销售所得进行没收。
- 罚款：根据违法购进药品的货值金额，处以二倍以上十倍以下的罚款；情节严重的，处以十倍以上三十倍以下的罚款。货值金额不足五万元的，按五万元计算。
- 吊销许可证：对情节严重的药店，吊销其药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证等。
刑事处罚：
- 如果药店销售回流药的行为构成犯罪，如掩饰、隐瞒犯罪所得罪或诈骗罪，将依法追究刑事责任。
其他处置措施：
- 医保部门可能根据相关规定，对药店采取协议管理、支付资格管理等处置措施，如暂停或取消其医保定点资格等。
三、实际案例
以监利市市场监督管理局对监利同吉堂中心药店的行政处罚为例，该药店因销售回流药被处以警告、没收违法所得864元、罚款20000元的行政处罚。这一案例表明，上级部门对药店销售回流药的行为将依法进行严肃处理。
四、建议
为了避免类似情况的发生，药店应严格遵守相关法律法规，从合法渠道购进药品，并建立完善的进货检查验收制度。同时，药店应加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识，确保药品经营活动的合法性和规范性。
综上所述，药店销售回流药将面临严重的法律后果和处罚措施。因此，药店应严格遵守相关法律法规，确保药品经营活动的合法性和规范性。