申请普通破产重整的公司，其公章的处理需根据《企业破产法》及相关司法解释的规定，结合管理人职责和实际需求进行，具体处理方式如下：

1. 公章由管理人接管并保管
   根据《企业破产法》第二十五条，管理人（通常由法院指定的律师事务所、会计师事务所等机构担任）接管债务人财产、印章和账簿等资料。因此，公司进入破产重整程序后，原公章应立即移交管理人保管，原法定代表人或实际控制人不得继续持有或使用，否则可能涉嫌妨碍破产程序，需承担法律责任。

2. 公章使用需经管理人审批
   在重整期间，公司仍可能因经营需要使用公章（如签订合同、参与诉讼等），但所有用印行为必须经管理人书面同意。管理人会根据重整计划或实际需求，审核用印事项的合法性、必要性，并留存用印记录。若未经审批擅自用印，可能导致合同无效或引发管理人追责。

3. 特殊情况下的公章处理

   • 重整成功：若法院裁定批准重整计划，公司恢复自主经营，管理人会将公章交还公司，由新任法定代表人或指定人员保管。
     
   • 重整失败转清算：若重整失败，法院裁定终止重整程序并宣告破产，管理人会依法销毁公章，防止被滥用。
     
   • 公章遗失或损坏：若公章在破产程序中遗失或损坏，管理人需及时向公安机关备案并重新刻制，新公章仍由管理人保管。

4. 风险提示与建议

   • 合规风险：破产重整期间，公司原管理层不得私自刻制新公章或使用旧公章，否则可能构成“隐匿、故意销毁会计凭证”等犯罪（《刑法》第一百六十二条之一）。
     
   • 合同效力：若第三方在不知情的情况下与使用非法公章的公司签订合同，可能因“表见代理”规则被认定为有效，公司需承担相应责任。因此，管理人应通过公告、通知等方式明确告知公章接管情况。
     
   • 建议操作：公司可要求管理人出具《公章接管证明》，并在重整期间对外签署文件时，由管理人加盖“破产管理人专用章”或附上管理人审批文件，以降低法律风险。

总结：破产重整期间，公章由管理人统一接管、保管和使用审批，公司需严格配合管理人工作，避免因公章问题引发额外纠纷。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询。