乡村医生辞职且不在医疗系统工作，其乡村医生执业证书不一定会被注销，是否注销取决于多种因素。以下是对此问题的详细分析：

1. 执业证书有效期与再注册：

   • 乡村医生执业证书的有效期为5年。若持证人在有效期满前3个月未申请再注册，证书将失效并被注销。因此，如果辞职后未在有效期内申请再注册，证书会被注销。

2. 中止执业活动的时间：

   • 根据相关规定，若乡村医生连续停止执业活动达2年，其执业证书将被注销。如果辞职后连续2年未从事乡村医生执业活动，证书同样会被注销。

3. 政策变动与合规性：

   • 政府若出台新的执业资格要求，原有证书可能因不符合新规而失效。但通常会有过渡期和政策指导，以便乡村医生适应新要求。如果辞职后政策发生变动，且原有证书不符合新规定，证书可能会被注销。不过，这种情况下的注销通常会有一定的缓冲期。

4. 个人主动申请注销：

   • 乡村医生也有权主动申请注销其执业证书。如果辞职后决定不再从事乡村医生工作，并主动申请注销证书，那么证书将被注销。

5. 其他特殊情况：

   • 除了上述情况外，还有一些特殊情况可能导致证书被注销，如乡村医生死亡或被宣告失踪、受刑事处罚等。但这些情况与辞职本身无直接关联，而是基于其他法律事实。

建议与注意事项：

• 关注政策法规变化：乡村医生应密切关注相关政策法规的更新，确保自己的执业行为始终符合最新规定。即使辞职后不再从事乡村医生工作，也应了解相关政策动态，以便在需要时采取相应措施。
• 及时办理相关手续：如果辞职后仍希望保留乡村医生执业资格（例如计划未来重新执业），应在执业证书有效期满前按时申请再注册，并避免连续2年不从事乡村医生执业活动。
• 主动咨询与了解：对于不确定的情况或疑问，建议主动咨询当地卫生行政主管部门或相关机构，以获取准确的信息和指导。

总结来说，乡村医生辞职且不在医疗系统工作，其执业证书是否会被注销取决于多种因素，包括执业证书的有效期、中止执业活动的时间、政策变动与合规性、个人主动申请注销以及其他特殊情况。因此，无法一概而论地说辞职后证书一定会被注销。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。