若持有老桩基证但相关部门不予确权，可按以下步骤处理：
- 核查不予确权的具体原因
首先需明确相关部门拒绝确权的理由，常见原因包括：
- 证件效力问题：老桩基证可能因历史政策变化（如土地管理法修订、集体土地确权政策调整）或证件本身存在瑕疵（如信息缺失、未盖章、超出有效期）导致失效；
- 土地权属争议：若该土地存在其他权利人主张权属（如邻居、村集体或其他继承人），需先解决争议才能确权；
- 规划冲突：土地可能已被纳入城市规划、生态保护红线或征收范围，导致无法确权；
- 程序瑕疵：申请确权时未提交完整材料（如身份证明、土地来源证明、四至范围图）或未履行公示、听证等法定程序。
建议：向当地自然资源局（原国土局）或乡镇政府申请书面答复，明确拒绝理由及依据，以便针对性解决。
根据原因采取对应措施
若因证件失效：
- 查找原始档案：向发证机关申请调取桩基证的审批档案，证明其合法性；
- 补办手续：根据现行政策补办相关证明（如村集体出具的土地来源证明、邻居签字确认的四至范围说明）；
- 申请换发新证：部分地区允许将老证换发为不动产权证，需提交身份证、户口本、老证及补正材料。
若因权属争议：
- 协商解决：与争议方协商划分土地界限或达成共有协议；
- 申请调解：通过村委会、乡镇司法所或人民调解委员会介入调解；
- 提起诉讼：若调解无果，可向法院提起“土地权属确认之诉”，由法院判决权属归属。
若因规划或征收：
- 查询规划文件：向当地规划部门申请公开土地规划信息，确认是否涉及征收或限制使用；
- 主张补偿：若土地已被征收，可依据《土地管理法》要求征收方给予合理补偿（包括土地补偿费、安置补助费等）。
若因程序瑕疵：
- 补充材料：按要求补交缺失的证明文件；
- 申请复议或诉讼：若认为行政机关拒绝确权的行为违法，可向上一级部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼。
关键证据收集
- 证明土地来源：如建房审批表、缴费凭证、村集体分配记录等；
- 证明长期使用：如水电费缴纳记录、邻居证言、卫星影像图等；
- 证明无争议：如村委会出具的“无权属争议证明”、公示期间无异议的记录等。
提示：土地确权涉及地方政策差异，建议优先咨询当地自然资源局或乡镇政府，了解具体流程和要求。若需进一步协助，可随时向我提供详细情况（如证件内容、拒绝理由、土地现状等），我会为你分析具体解决方案。