结论：公积金贷款有逾期，确实可能影响购买第二套房的商业贷款，但具体影响程度需根据逾期情况、贷款银行政策及当地购房政策综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、逾期情况对商业贷款的影响

1. 逾期次数与时间：

   • 轻微逾期：如果公积金贷款逾期次数较少（如1-2次），且逾期时间较短（如几天至一周内），并及时补缴了逾期款项，这种逾期情况对商业贷款的影响可能相对较小。银行在审批商业贷款时，虽然会关注借款人的信用记录，但轻微逾期可能不会成为拒绝贷款的直接原因。
   • 严重逾期：如果公积金贷款逾期次数较多（如3次以上），或逾期时间较长（如超过一个月），这种逾期情况将显著影响借款人的信用记录。银行在审批商业贷款时，可能会认为借款人存在较高的信用风险，从而拒绝贷款申请或提高贷款利率。

2. 逾期原因与态度：

   • 非恶意逾期：如果逾期是由于非主观原因造成的，如银行系统故障、忘记还款日等，且借款人能提供相关证明材料，银行在审批商业贷款时可能会给予一定的宽容度。
   • 恶意逾期：如果逾期是由于借款人主观故意造成的，如故意拖欠还款、逃避债务等，银行将视为严重违约行为，对商业贷款申请产生极大的负面影响。

二、贷款银行政策的影响

不同银行对公积金贷款逾期的容忍度不同。一些银行可能对逾期情况较为宽松，只要借款人能提供合理的解释和证明材料，且当前信用状况良好，就可能批准商业贷款申请。而另一些银行则可能对逾期情况较为严格，即使逾期次数较少或时间较短，也可能拒绝贷款申请或提高贷款利率。

三、当地购房政策的影响

除了逾期情况和贷款银行政策外，当地购房政策也可能对商业贷款申请产生影响。例如，一些城市可能出台了限购政策，要求购房者必须满足一定的信用条件才能购买第二套房。如果借款人的公积金贷款存在逾期情况，可能不符合当地购房政策的信用要求，从而无法申请商业贷款购买第二套房。

四、法律建议与风险提示

1. 及时补缴逾期款项：如果公积金贷款存在逾期情况，借款人应尽快补缴逾期款项，以减少对信用记录的影响。
2. 咨询贷款银行：在申请商业贷款前，借款人应咨询贷款银行关于公积金贷款逾期的具体政策，了解银行对逾期情况的容忍度和审批标准。
3. 关注当地购房政策：借款人应关注当地购房政策的最新动态，确保自己符合购房条件，避免因政策变化导致商业贷款申请失败。
4. 谨慎选择贷款产品：如果公积金贷款逾期情况较为严重，借款人可能需要考虑选择其他贷款产品或增加担保措施来提高商业贷款的审批通过率。

示例：假设借款人A的公积金贷款存在2次轻微逾期，且逾期时间均较短，并及时补缴了逾期款项。在申请商业贷款时，A咨询了贷款银行，得知银行对公积金贷款逾期的容忍度较高，且A当前信用状况良好。同时，A也关注了当地购房政策，确认自己符合购房条件。最终，A成功申请到了商业贷款购买第二套房。

总结：公积金贷款有逾期确实可能影响购买第二套房的商业贷款，但具体影响程度需根据逾期情况、贷款银行政策及当地购房政策综合判断。如果你有具体的逾期情况或贷款需求，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。