结论：协商解除合同赔偿少了，员工在一定条件下是可以申请补偿金的，但具体能否申请成功以及补偿金的数额，需要根据实际情况和相关法律规定来判断。
分析说明：
协商解除合同的基本原则：
- 协商解除合同是双方自愿、平等、协商一致的结果。在协商过程中，双方应就解除合同的条件、赔偿等事项达成一致。
- 如果员工认为协商解除合同时的赔偿少了，这通常意味着员工对协商结果不满意，或者认为协商过程中存在不公平、不公正的情况。
员工申请补偿金的条件：
- 合同约定：如果劳动合同或协商解除协议中明确约定了赔偿标准或补偿金条款，且员工认为实际赔偿低于约定标准，员工可以依据合同约定申请补偿金。
- 法律规定：根据《劳动合同法》等相关法律法规，如果协商解除合同违反了法律强制性规定（如未支付经济补偿金、未履行法定程序等），员工有权要求用人单位支付相应的补偿金。
- 显失公平：如果协商解除合同的过程中存在显失公平的情况（如用人单位利用优势地位迫使员工接受不合理的赔偿条件），员工也可以申请补偿金。
申请补偿金的途径：
- 协商：员工可以首先与用人单位进行协商，尝试达成一致的补偿方案。
- 劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付补偿金。
- 诉讼：对劳动仲裁结果不服的，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果协商解除合同已经履行完毕：即员工已经签署了解除协议并领取了赔偿，之后才发现赔偿少了，这种情况下员工申请补偿金的难度会相对较大。因为解除协议是双方自愿达成的，且已经履行完毕，除非员工能证明解除协议存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），否则很难再要求用人单位支付额外的补偿金。
- 如果协商解除合同未履行完毕：即员工尚未签署解除协议或尚未领取赔偿，此时员工发现赔偿少了，可以及时与用人单位沟通协商，调整赔偿方案。如果协商无果，员工可以拒绝签署解除协议，并通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的权益。
行动建议：
- 收集证据：员工在申请补偿金前，应尽可能收集相关证据，如劳动合同、协商解除协议、工资单、工作证明等，以证明自己的权益受到侵害。
- 咨询专业律师：由于劳动法律关系复杂多变，员工在申请补偿金前最好咨询专业律师的意见，以便更好地了解自己的权益和维权途径。
- 及时行动：如果员工认为自己的权益受到侵害，应及时采取行动，避免超过法定时效期间而丧失维权机会。
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