结论：针对老祖被他人修房侵占了几十年的情况，您可以考虑通过协商、行政投诉或法律诉讼等途径来维护权益。具体选择哪种方式，需根据实际情况和证据充分性来决定。

分析说明：

1. 协商解决：

   • 情况说明：如果侵占行为并非恶意，或者双方关系较为和睦，首先可以尝试与侵占者进行协商，看是否能够达成和解，比如通过补偿、置换土地或房屋等方式解决纠纷。
   • 法律依据：虽然直接的法律依据可能并不明确指向协商，但《民法典》中关于相邻关系、物权保护等原则，为双方通过协商解决纠纷提供了法律基础。

2. 行政投诉：

   • 情况说明：如果协商无果，或者侵占行为明显违法，您可以向当地的房地产管理部门、土地管理部门或城市规划部门进行投诉，要求相关部门介入调查并处理。
   • 法律依据：根据《城市房地产管理法》、《土地管理法》等相关法律法规，政府部门有责任对违法侵占土地或房屋的行为进行查处。

3. 法律诉讼：

   • 情况说明：如果行政投诉未能解决问题，或者您希望直接通过法律手段维护权益，可以向人民法院提起诉讼，要求侵占者停止侵占、返还房屋或土地，并可能要求赔偿损失。
   • 法律依据：
     • 物权保护：根据《民法典》物权编的相关规定，您作为房屋或土地的合法所有者，有权要求侵占者停止侵害、排除妨碍、返还财产，并可以要求赔偿损失。
     • 诉讼时效：虽然侵占行为已经持续了几十年，但根据《民法典》关于诉讼时效的规定，如果自权利受到损害之日起超过二十年，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。不过，在不动产纠纷中，诉讼时效的适用可能更为复杂，需要具体分析。
     • 证据收集：在提起诉讼前，您需要收集充分的证据来证明您对房屋或土地的所有权，以及侵占者的侵占行为。这可能包括房产证、土地证、历史照片、证人证言等。

特别提醒：

• 在处理此类纠纷时，务必保持冷静和理性，避免采取过激行为导致纠纷升级。
• 证据的收集和保存至关重要，它将直接影响到您能否成功维护自己的权益。
• 如果对法律程序不熟悉，建议寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。

后续行动建议：

1. 首先尝试与侵占者进行协商，看是否能够达成和解。
2. 如果协商无果，向当地的房地产管理部门或土地管理部门进行投诉。
3. 如果行政投诉未能解决问题，考虑向人民法院提起诉讼，并在此之前收集充分的证据。

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