若农村土地使用证更换时发现土地面积减少，可按以下步骤处理：

1. 核实减少原因
   首先需确认土地面积减少的具体原因，常见情形包括：

   • 测量误差：原土地证登记面积与实际测量存在偏差（如历史测绘技术限制导致误差）；
     
   • 权属争议：邻近土地使用者主张部分土地权属，导致实际可登记面积减少；
     
   • 行政调整：因公共利益（如修路、建校）或土地整合项目，政府依法征收部分土地；
     
   • 登记错误：原土地证登记信息有误，或新证办理过程中出现录入错误。
     

2. 分情况处理

   • 若为测量误差或登记错误：
     向当地自然资源部门（原国土资源局）申请复核，提交原土地证、权属证明（如承包合同、分家协议）、历史测绘资料等，要求重新测量并更正登记信息。
     法律依据：根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。若属登记错误，可依据《不动产登记暂行条例》申请更正登记。

   • 若为权属争议：
     先与争议方协商，协商不成可申请乡镇政府或县级政府调解；调解无果的，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院提起民事诉讼，主张土地权属。
     注意：需在争议发生之日起2年内提出仲裁或诉讼，逾期可能丧失胜诉权。

   • 若为行政征收或调整：
     政府征收土地需依法履行公告、听证、补偿等程序。若未收到补偿或认为征收程序违法，可向上级政府申请行政复议，或向法院提起行政诉讼，要求确认征收行为违法并赔偿损失。
     法律依据：根据《土地管理法》第四十七条，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。

3. 关键证据收集
   无论哪种情形，均需保留以下证据：

   • 原土地使用证、承包合同等权属证明；
     
   • 土地现状照片、视频（显示边界标志）；
     
   • 政府征收文件、公告（如有）；
     
   • 协商记录、调解协议（如有）。
     

建议：土地问题涉及权属、行政程序等多重法律关系，建议优先通过书面形式向相关部门申请信息公开（如征收批文、测绘报告），明确责任主体后再采取法律行动。若对流程不熟悉，可随时向我咨询具体操作细节。