关于协会领导占合作单位股份是否违法的问题，不能一概而论，需要分情况讨论：
若协会领导以合法方式取得股份：
- 如果协会领导是通过正常的市场交易、投资入股或者继承、赠与等合法方式取得合作单位的股份，并且这种持股行为没有违反相关法律法规、公司章程或者合作协议的约定，那么这种持股行为是合法的，不构成违法。
若协会领导利用职务便利非法取得股份：
- 如果协会领导利用其在协会中的职务便利，通过不正当手段，如贪污、受贿、挪用公款等非法方式取得合作单位的股份，或者违反公司章程、合作协议的约定，未经合法程序擅自取得股份，那么这种持股行为就是违法的。
- 具体来说，如果协会领导利用职务之便，在合作过程中为自己谋取私利，损害合作单位或其他股东的利益，可能构成职务侵占、贪污受贿等犯罪行为，将受到法律的制裁。
若持股行为违反特定行业规定或监管要求：
- 在某些特定行业或领域，如金融、医疗等，可能存在对持股行为的特殊规定或监管要求。如果协会领导的持股行为违反了这些规定或要求，即使其持股方式本身看似合法，也可能因违反行业规范或监管政策而面临法律风险。
法律建议：
- 对于协会领导而言，在持股合作单位时，应确保持股行为的合法性和合规性，遵守相关法律法规、公司章程和合作协议的约定，避免利用职务便利谋取私利。
- 对于合作单位而言，应加强对股东资格和持股行为的审查和管理，确保股东的合法性和合规性，维护公司的利益和股东的权益。
- 如果发现协会领导存在非法持股行为，合作单位或其他股东可以依法向相关部门举报或提起诉讼，维护自身的合法权益。
可能面临的法律后果：
- 如果协会领导的持股行为被认定为违法，其可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事处罚等法律后果。具体后果取决于违法行为的性质、情节和后果等因素。
总结与提醒：
- 协会领导占合作单位股份是否违法，取决于持股行为的合法性和合规性。在持股过程中，应严格遵守相关法律法规和行业规范，确保持股行为的合法性和合规性。
- 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。