甲乙双方签订的施工协议确实存在诉讼时效的问题。下面我将从多个角度为您详细解释：
诉讼时效的基本概念：
诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。在建设工程领域，施工协议作为合同的一种，同样受到诉讼时效制度的约束。
施工协议诉讼时效的期限：
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果甲乙双方在施工协议中发生了纠纷，且一方希望在法律上得到保护，那么该方需要在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼。
诉讼时效的起算点：
- 对于施工协议中的工程款支付纠纷，诉讼时效通常从工程竣工验收合格之日起算，或者从双方约定的付款期限届满之日起算。
- 如果施工协议中存在质量争议，且质量争议与工程款支付相关联，那么诉讼时效的起算点可能会因质量争议的处理情况而有所延迟。例如，如果双方就质量问题进行了协商或鉴定，那么诉讼时效可能会从协商或鉴定结果确定之日起算。
诉讼时效的中断与中止：
- 中断：在诉讼时效期间内，如果因一方提出履行请求、同意履行义务或提起诉讼等行为导致诉讼时效中断，那么诉讼时效将重新计算。例如，如果甲方在诉讼时效期间内向乙方发出催款通知，且乙方签收了该通知，那么诉讼时效将从乙方签收之日起重新计算三年。
- 中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效将中止。待中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。例如，如果因自然灾害导致乙方无法及时提起诉讼，那么诉讼时效将中止，待自然灾害消除后六个月内，乙方仍可提起诉讼。
超过诉讼时效的法律后果：
如果超过了诉讼时效期间，且对方提出了诉讼时效抗辩，那么法院将不再保护该方的民事权利。这意味着，即使该方在事实上享有权利，也可能因为超过了诉讼时效而无法在法律上得到支持。
建议：
- 甲乙双方在签订施工协议时，应明确约定付款期限、质量争议处理方式等关键条款，以避免因条款不明确而导致诉讼时效起算点争议。
- 在诉讼时效期间内，如果一方发现自己的权利受到侵害，应及时采取措施保护自己的权益，如发出催款通知、提起诉讼等。
- 如果因特殊原因无法及时提起诉讼，应及时了解诉讼时效中断与中止的相关规定，并采取相应措施以延长诉讼时效期间。
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