针对镇政府发放的无存根宅基地证涉嫌伪造变造的情况，核心处理原则是：先通过合法程序确认证件效力，再根据不同主体（个人/政府）的违法行为性质，分别采取行政救济或司法途径解决。以下是具体分析：

一、若证件系镇政府工作人员伪造变造（政府违法）

1. 行政复议或诉讼
   根据《行政诉讼法》第12条，公民可对镇政府违法颁发宅基地证的行为提起行政诉讼，要求法院撤销该证件并确认行政行为违法。需准备证据包括：

   • 证件无存根的异常情况说明（如向其他部门查询无备案记录）；
     
   • 镇政府未履行法定审批程序的证明（如未公示、未实地勘查等）；
     
   • 证人证言或录音录像等直接证据（如有）。
     注：若镇政府拒不承认，可申请法院调取其内部审批档案，或通过政府信息公开途径获取相关材料。

2. 国家赔偿与责任追究
   若伪造变造行为导致财产损失（如宅基地被非法占用），可依据《国家赔偿法》第4条要求镇政府赔偿。同时，可向纪检监察机关举报涉事工作人员，追究其行政责任甚至刑事责任（如滥用职权罪、玩忽职守罪）。

二、若证件系他人伪造变造（个人违法）

1. 向公安机关报案
   伪造国家机关证件涉嫌触犯《刑法》第280条，可携带证据（如原件与存根不符的对比材料、证人证言）向当地派出所报案，要求立案侦查。公安机关需在7日内决定是否立案，若不立案可申请复议。

2. 民事侵权诉讼
   若伪造行为导致权益受损（如宅基地被侵占），可同时提起民事诉讼，要求侵权人停止侵害、返还财产或赔偿损失。需注意：

   • 诉讼时效为3年，自知道权利受损之日起计算；
     
   • 需证明侵权行为与损害结果之间的因果关系（如伪造证件被用于非法交易）。

三、关键证据收集建议

无论哪种情况，证据是维权的核心，需重点收集：

1. 证件本身瑕疵：如无盖章、无编号、与正规模板格式不符等；
   
2. 审批程序违法：如未经过村集体讨论、未公示、未上报县级政府审批等；
   
3. 第三方证明：如村委会出具的未审批证明、邻居证言、卫星影像图等。

四、风险提示

1. 若证件已被用于抵押、转让等交易，需尽快通过法律程序宣告无效，避免损失扩大；
   
2. 维权过程中注意保留所有沟通记录（如与镇政府的书面申请、录音等），作为后续诉讼证据；
   
3. 若涉及政府行为，建议优先通过行政复议解决（期限60日），效率通常高于诉讼。

如需进一步分析具体证据或制定维权方案，可直接向我提供更多细节（如证件内容、发现过程等），我会结合《土地管理法》《行政许可法》等法规给出针对性建议。