签入股协议盖上公司公章，并不意味着该协议就必然合法有效。协议的合法性取决于多个因素，以下从不同角度进行分析：

1. 公章的法律效力：

   • 公章是公司对外表示其意思表示的重要工具，具有法律效力。在入股协议上加盖公司公章，通常表明公司对该协议内容的认可和接受。
   • 然而，公章的使用必须合法合规。如果公章被非法盗用、滥用或伪造，那么加盖在该协议上的公章将不具有法律效力，协议也可能因此无效。

2. 协议内容的合法性：

   • 除了公章的使用外，协议的内容也必须符合法律法规的规定。例如，入股协议中的条款不能违反公司法、合同法等相关法律法规的强制性规定。
   • 如果协议内容存在违法或违规之处，如侵犯他人权益、违反公序良俗等，那么该协议将可能被认定为无效。

3. 签约主体的资格：

   • 签约主体必须具备相应的民事行为能力和权利能力。对于公司而言，必须确保其具有签订入股协议的合法资格，如公司已经依法设立并取得营业执照等。
   • 如果签约主体不具备相应的资格或能力，如公司未依法设立或已经注销等，那么该协议将可能因签约主体不适格而无效。

4. 协议签订的程序：

   • 协议的签订必须遵循一定的程序要求，如双方协商一致、签字盖章等。如果协议签订过程中存在程序瑕疵或违规行为，如未经公司股东会或董事会决议等，那么该协议的合法性也可能受到质疑。

法律建议：

• 在签订入股协议前，务必对签约主体的资格、公章的真实性以及协议内容的合法性进行仔细审查。
• 确保协议签订程序合法合规，避免出现程序瑕疵或违规行为。
• 如果对协议的合法性存在疑问或担忧，建议咨询专业律师进行法律审查和风险评估。

可能的法律后果：

• 如果入股协议因上述原因被认定为无效或可撤销，那么双方将可能面临恢复原状、赔偿损失等法律后果。
• 在极端情况下，如果协议涉及违法犯罪行为，如诈骗、非法集资等，那么相关责任人还可能面临刑事处罚。

因此，签入股协议盖上公司公章只是协议合法性的一个方面，要确保协议的合法有效，还需要综合考虑多个因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。