在执行程序中另行提起诉讼后撤诉的，处理方式需根据撤诉的具体情形及执行程序所处阶段综合判断，具体如下：

1. 撤诉对另行诉讼本身的影响
   根据《民事诉讼法》第148条，原告撤诉后视为未起诉，法院将裁定准许撤诉并终结诉讼程序。此时，另行提起的诉讼案件被彻底终结，原告若再次主张相同权利需重新起诉（需注意诉讼时效中断后的重新计算问题）。
   例外情形：若撤诉系因与被告达成和解且已履行完毕，原告不得以相同事实和理由再次起诉（《民事诉讼法司法解释》第214条）。

2. 撤诉对执行程序的直接影响

   • 执行依据未丧失效力时：若另行诉讼的撤诉不影响原执行依据（如生效判决、仲裁裁决）的效力，执行程序可继续推进。例如，原告在执行中另诉主张违约金但撤诉，原判决确定的债权仍可强制执行。
     
   • 执行依据被动摇时：若另行诉讼系针对执行依据本身（如申请再审或提起第三人撤销之诉），撤诉可能导致执行程序恢复。例如，案外人另诉撤销原判决后撤诉，法院将依职权恢复执行原判决（需结合《民事诉讼法》第234条分析）。

3. 撤诉后的程序衔接要点

   • 执行中止的恢复：若执行程序因另行诉讼被中止（《民事诉讼法》第263条），撤诉后申请人需向执行法院提交撤诉裁定书，法院应在收到材料后5日内恢复执行。
     
   • 财产保全的解除：另行诉讼中申请的财产保全，撤诉后法院应依职权解除保全措施（《民事诉讼法司法解释》第166条），但若保全措施与执行程序无关，需另行申请解除。
     
   • 诉讼费用承担：撤诉案件的诉讼费由原告负担（《诉讼费用交纳办法》第15条），若因撤诉导致执行程序恢复，可能产生额外执行费用需由被执行人承担。

4. 实务风险提示

   • 撤诉动机审查：若撤诉系为规避执行（如转移财产后撤诉），法院可能依职权或依申请裁定不予准许，并追究虚假诉讼责任（《刑法》第307条之一）。
     
   • 执行和解的效力：若撤诉前已达成执行和解协议，撤诉不影响和解协议的效力，但需注意和解协议未履行时的救济路径（恢复执行原生效文书或就和解协议起诉）。

建议行动：若您面临此类情形，需立即整理撤诉裁定书、执行案件材料及另行诉讼的诉讼文书，向执行法院提交书面恢复执行申请，并同步关注被执行人财产变动情况。具体操作可进一步向我提供案件细节后制定方案。