自收自支事业单位停业后，其担保是否有效，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、担保合同的法律效力基础
担保合同的有效性首先取决于其是否满足法律规定的生效要件，包括但不限于：
主体资格：担保人（即自收自支事业单位）是否具备签订担保合同的法律资格。事业单位，包括自收自支事业单位，在符合法律法规规定的情况下，可以作为担保人。但需注意，某些特定类型的事业单位可能因法律、行政法规的特别规定而不得作为担保人。
意思表示真实：担保合同必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
内容合法：担保合同的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
形式要件：根据法律规定或当事人约定，担保合同可能需要采用书面形式等特定形式。
二、事业单位停业对担保合同的影响
自收自支事业单位停业，并不直接导致其之前签订的担保合同无效。但停业可能引发以下问题，进而影响担保合同的履行和效力：
担保能力下降：停业可能导致事业单位资产减少、收入来源中断，进而影响其履行担保责任的能力。如果担保人因停业而丧失偿债能力，债权人可能面临担保落空的风险。
合同履行障碍：如果担保合同中约定了与事业单位经营状态相关的条款（如以事业单位的经营收入作为还款来源），停业可能导致这些条款无法履行，进而影响整个担保合同的效力。但这种情况通常需要通过合同解释或法律适用来解决，并不直接导致担保合同无效。
法律程序影响：如果事业单位因停业而进入破产清算程序，根据《企业破产法》等相关法律规定，担保债权在破产程序中的清偿顺序和方式可能受到特定限制。但这同样不直接涉及担保合同的有效性问题。
三、特殊情况下的担保效力
未经批准或超越权限担保：如果自收自支事业单位未经批准或超越权限对外提供担保，该担保行为可能因违反内部管理规定或法律法规的强制性规定而无效。但这种情况与事业单位是否停业无直接关联。
担保合同存在瑕疵：如果担保合同本身存在瑕疵（如未采用书面形式、未办理法定登记手续等），可能影响其法律效力。但这些瑕疵同样与事业单位是否停业无关。
四、建议
审查担保合同：债权人应仔细审查担保合同的内容，确保合同满足法律规定的生效要件，并关注与事业单位经营状态相关的条款。
评估担保能力：在签订担保合同时，债权人应对担保人的偿债能力进行充分评估，包括考虑其经营状况、资产状况等因素。
及时采取措施：如果发现担保人停业或可能出现其他影响担保能力的情况，债权人应及时采取措施（如要求提供额外担保、提前行使债权等）以降低风险。
寻求法律帮助：如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。