工程保修期两年或五年时，质保金的拨付需根据保修期限、合同约定及实际履约情况综合确定，具体拨付方式需分情况讨论：

1. 合同明确约定保修期与质保金比例的，按合同执行

• 核心规则：若合同中明确约定了不同分项工程的保修期限（如屋面防水5年、电气管线2年）及对应质保金比例（如总价5%），则拨付需分阶段进行：
  • 到期部分：保修期届满后，经验收无质量问题，建设单位应按合同约定比例返还对应质保金（如2年期满后返还电气管线部分的质保金）。
  • 未到期部分：剩余质保金继续扣留，直至最长保修期（如5年）届满后返还。
• 法律依据：根据《建设工程质量保证金管理办法》，缺陷责任期（通常为1-2年）与保修期是独立概念，质保金返还以缺陷责任期届满为前提，但保修期长短可能影响合同对质保金分阶段返还的约定。

2. 合同未明确分阶段拨付的，按最长保修期统一处理

• 常见情形：合同仅约定“质保金在保修期满后返还”，但未区分分项工程保修期差异（如整体约定5年保修期）。
• 处理原则：
  • 严格按合同：若合同未明确分阶段拨付，即使部分工程保修期较短（如2年），质保金通常需待最长保修期（5年）届满后一次性返还。
  • 例外情形：若承包人能证明部分工程在2年后已独立通过验收且无质量问题，可主张按实际保修期分阶段返还，但需承担举证责任。

3. 保修期内出现质量问题的，质保金暂扣或扣除

• 基本流程：
  1. 通知修复：保修期内发现质量问题，建设单位应通知承包人修复；
  2. 自行修复：若承包人未及时修复，建设单位可自行或委托第三方修复，费用从质保金中扣除；
  3. 剩余返还：保修期届满后，扣除修复费用后的剩余质保金应返还承包人。
• 风险提示：若质保金不足以覆盖修复费用，承包人仍需承担超额部分的赔偿责任。

4. 质保金返还后的保修责任不免除

• 法律原则：质保金返还仅代表建设单位对承包人履约能力的阶段性认可，不免除承包人在法定保修期内的保修义务。
• 实务建议：承包人应在质保金返还后继续关注工程质量，避免因保修期内的质量问题引发额外纠纷。

总结建议：

1. 签订合同时，应明确分项工程保修期及对应质保金比例，避免歧义；
   
2. 保修期内及时响应修复通知，保留履约证据；
   
3. 质保金返还前，建议双方共同验收并签署书面文件，确认无质量问题。
   

如有具体合同条款或纠纷，可进一步提供细节，我将结合条款内容分析拨付方案。