结论：若法院判决借款被告缺席审理，判决书生效后，被告发现判决前已还部分款项，可通过申请再审或执行异议等途径来维护自身权益。
详细分析：
申请再审：
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。
- 申请条件：被告需提供充分证据证明在判决前已偿还部分款项，且该事实未在原判决中被考虑。这通常包括还款凭证、转账记录、收条等。
- 申请流程：被告应准备再审申请书及相关证据材料，向上一级人民法院提交。法院将审查申请材料，并决定是否受理再审申请。
- 可能结果：若法院认为再审申请有理，将裁定再审，并可能撤销原判决或改判。
执行异议：
- 适用场景：若判决已进入执行阶段，被告可向执行法院提出执行异议。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》关于执行异议的规定，当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可以向负责执行的人民法院提出书面异议。
- 申请条件：被告需证明在判决前已偿还部分款项，且该款项未在原判决中被扣除。同时，需提供相关证据支持其主张。
- 申请流程：被告应准备执行异议申请书及相关证据材料，向执行法院提交。法院将审查异议材料，并作出裁定。
- 可能结果：若法院认为执行异议成立，将裁定中止执行或调整执行金额。
其他注意事项：
- 证据收集：被告应尽早收集并整理相关证据，如还款凭证、转账记录、收条等，以证明其在判决前已偿还部分款项。
- 法律程序：被告应了解并遵循相关法律程序，如再审申请或执行异议的提出时限、提交材料的要求等。
- 专业咨询：鉴于法律程序的复杂性和专业性，被告在申请再审或提出执行异议前，可咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
建议行动：
- 被告应尽快收集并整理相关证据，以证明其在判决前已偿还部分款项。
- 根据案件具体情况，选择申请再审或提出执行异议等途径来维护自身权益。
- 在行动前，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。