针对您提出的“建房超面积罚款后是否算合法”的问题，这是一个涉及法律规划和行政审批的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心判断原则
建房超面积后，仅通过缴纳罚款并不能直接使超出的面积变为合法。关键在于房屋的建设是否遵循了当地的土地利用规划、乡村建设规划，并且是否已经依法完成了所有必要的审批手续。
二、具体情况分析
符合规划且手续完备：
- 如果您的自建房在建设时虽然存在一些程序上的小瑕疵（比如未及时办理审批），但房屋本身完全符合土地利用和乡村建设规划；
- 在缴纳罚款后，您及时补办了所有合法的建房审批手续；
- 在这种情况下，超出的面积在补办手续后通常会被认定为合法。罚款在这里是对之前程序违规的一种处罚，补办手续后房屋的整体合法性得到确认。
不符合规划或隐瞒情况：
- 如果您的自建房严重违反了土地利用规划（比如在农用地上建房）或乡村建设规划（比如超出规定的建筑范围或层数）；
- 或者您在办理审批手续时隐瞒了面积超标的情况，被相关部门查处；
- 在这种情况下，即使您缴纳了罚款，超出的面积也不能被认定为合法。罚款并不等同于使违法建筑合法化，对于不符合规划的部分，您可能还需要面临整改或拆除等进一步的处理。
主动报告并补交费用：
- 如果您在发现面积超标后，主动向审批机关报告并补交了相关费用；
- 同时，您已经办理了合法的审批手续，并拥有宅基地使用权证书和规划许可证；
- 在这种情况下，超标的面积有可能被视为合法，但这还需要根据当地的具体政策和规定来判断。
三、法律与规划依据
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非法占用土地和违规建设的房屋不会因为缴纳罚款而自动变为合法。
- 城乡规划法也明确规定了建筑物必须符合规划要求，否则将面临相应的法律后果。
四、总结与建议
建房超面积后，罚款并不能直接使超出的面积合法化。是否合法取决于房屋是否符合规划要求、是否依法办理了审批手续等多个因素。因此，我建议您在自建房过程中严格遵守相关法律法规和规划要求，及时办理审批手续，避免产生不必要的法律纠纷和经济损失。如果确实存在违规行为，应主动向相关部门报告并积极配合整改工作。如有需要，您也可以咨询当地的城乡规划部门或专业律师，以获取更具体的法律指导和建议。