针对您提出的“果树被损怎么申请赔偿”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、明确赔偿依据及法律责任

首先，您需要了解的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，侵害他人财产的，应当承担民事赔偿责任。果树作为您的财产，一旦被损坏，您有权要求侵权人进行赔偿。若损坏行为同时触犯了刑法或治安管理法规，侵权人还可能面临刑事责任或行政处罚。

二、确定赔偿金额

赔偿金额的确定是赔偿过程中的关键环节。您需要考虑以下几个方面：

1. 果树本身价值：

   • 如果果树处于幼苗期，赔偿金额应包括幼苗的购买成本、运输费、种植人工费等直接投入。
   • 如果果树已经进入初果期或盛果期，除了考虑前期投入外，还需要结合果树的预期收益来计算赔偿金额。这包括果树当前及未来几年的预计产量与市场售价的乘积，以及果树的市场价值、剩余经济寿命内的预期收益等。

2. 其他损失：

   • 除了果树本身的价值外，您还需要考虑因果树损坏导致的间接损失。例如，错过销售季节、影响果园整体经营规划所产生的额外费用和收入减少等。
   • 如果损坏行为还破坏了生态环境或影响了您的正常生产经营，相关损失也应计入赔偿范围。

三、选择赔偿方式

在确定了赔偿金额后，您可以选择以下赔偿方式：

1. 双方协商：

   • 首选方式是与侵权人进行友好沟通，尝试达成赔偿协议。在协商过程中，您可以明确赔偿金额、支付方式等细节，并尽量以书面形式记录下来。

2. 第三方评估：

   • 如果双方对赔偿金额有争议，可以共同委托专业农业评估机构进行评估。评估机构会根据果树的实际情况和市场价值，出具评估报告作为赔偿依据。

3. 诉讼途径：

   • 如果协商和评估均无法解决纠纷，您可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供相关证据来证明果树被损坏的事实和赔偿金额的合理性。法院会根据证据和法律规定进行判决。

四、签订并执行赔偿协议

在确定了赔偿金额和赔偿方式后，双方应签订书面赔偿协议。协议中应详细列明赔偿内容、金额、支付方式、支付时间等条款。协议签订后，赔偿方应按约定履行赔偿义务。如果赔偿方未按时履行义务，您可以依据协议向法院申请强制执行。

五、总结与建议

果树被损坏是一种侵犯财产权的行为，您有权要求侵权人进行赔偿。在确定赔偿金额时，请综合考虑果树的价值、预期收益以及其他相关损失。赔偿方式可通过协商、评估或诉讼等途径解决。为了保障您的合法权益，建议您在处理过程中尽量保留相关证据，并咨询专业律师的意见。希望这些建议能对您有所帮助。