农村宅基地协议入股原则上需要经过村委会，但具体是否必须经过村委会需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从宅基地使用权性质角度
   宅基地使用权具有身份属性，仅限本集体经济组织成员享有，且流转受到严格限制。根据《土地管理法》第六十二条，宅基地使用权不得单独转让，但入股属于流转的一种形式。若入股行为涉及宅基地使用权变更或集体土地性质调整（如转为经营性建设用地），根据《村民委员会组织法》第二十四条，涉及村民利益的重大事项需经村民会议讨论决定，村委会作为执行机构需参与程序。

2. 从协议合法性角度
   若入股协议仅涉及宅基地上房屋的收益分配（如民宿合作经营），不改变宅基地使用权归属，且合作方为本集体经济组织成员，法律未明确要求必须经村委会同意。但实践中，村委会可能通过备案或见证方式确认协议效力，避免后续纠纷。例如，部分地区要求宅基地流转需向村委会报备，否则可能影响后续确权登记。

3. 从地方政策角度
   部分省份已出台宅基地“三权分置”改革试点政策（如浙江德清、四川泸县），允许宅基地使用权通过入股、出租等方式流转，但需符合地方实施细则。例如，某些试点地区要求入股协议需经村委会审核并报乡镇政府备案，否则可能被认定为无效。

建议操作步骤：

1. 核查入股协议内容，明确是否涉及宅基地使用权变更或集体土地性质调整；
   
2. 咨询当地自然资源部门或农业农村局，了解地方具体政策要求；
   
3. 若涉及重大利益调整，建议召开村民会议或村民代表会议讨论，并留存书面决议；
   
4. 协议签订后，及时向村委会报备或申请见证，确保程序合法性。
   

若你正在处理具体入股事宜，可进一步向我说明协议细节（如合作方身份、入股用途等），我会为你分析法律风险及合规路径。