当补充协议与原合同发生冲突时，一般以补充协议为准，但这一原则并非绝对，需根据具体情况进行综合分析。以下是对此问题的详细解答：
一、一般原则及法律依据
补充协议效力优先：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人可以协商一致变更合同。补充协议作为对原合同的补充或变更，只要内容合法、真实有效，即具有法律效力。因此，在补充协议与原合同内容不一致时，通常应以补充协议的约定为准，这体现了双方在新的情况下达成的新共识。
时间优先原则：
- 补充协议的签订时间通常晚于原合同，反映了双方对原合同内容的最新共识。在判断以谁为准时，应考虑补充协议的签订时间及双方的真实意图。若补充协议更能体现双方的最新意愿和实际情况，则其效力应得到优先认可。
二、特殊情况及考量因素
补充协议无效：
- 若补充协议存在欺诈、胁迫、恶意串通、损害国家/集体/第三人利益、违反法律法规强制性规定等情形，该补充协议将被认定为无效。此时，应依据原合同执行，确保合同关系的合法性和公正性。
原合同特殊约定：
- 如果原合同中明确规定了“本合同内容不得通过补充协议进行变更”或类似条款，且这些条款合法有效，那么在补充协议与原合同发生冲突时，可能仍需以原合同为准。但此类约定的有效性可能会受到法律的严格审查，以确保其不违背公平原则和法律规定。
部分补充与整体效力：
- 若补充协议明确仅对原合同的某些特定条款进行补充，未涉及的原合同条款仍然有效。例如，甲和乙签订货物买卖合同，后签订补充协议仅变更交付时间。对于未涉及的规格、数量、价格等条款，原合同仍然有效。
三、实际操作建议
仔细审查合同：
- 在处理合同与补充协议冲突的问题时，首先应详细阅读并分析原合同和补充协议的具体内容，特别是关于冲突条款的约定。
考虑特殊情况：
- 接着，要关注是否存在上述特殊情况，如补充协议的无效性、原合同的特殊约定以及部分补充与整体效力的关系等。
结合法律法规：
- 然后，结合相关法律法规的规定，对补充协议的效力和应适用的内容进行综合判断。例如，若补充协议因欺诈被撤销，关于相关条款的问题仍应按原合同执行。
寻求法律途径解决争议：
- 若双方无法就冲突问题达成一致，建议通过友好协商、调解、仲裁或诉讼等法律途径解决争议。在处理过程中，应尊重法律法规的权威性和公正性，确保当事人的合法权益得到充分保障。
举例说明：
- 甲和乙签订房屋买卖合同，原价100万元，一次性付款。后签订补充协议，改为分三期付款。若就付款方式产生争议，应以补充协议中的分期付款为准。
- 若甲和乙签订的补充协议因存在欺诈情形被撤销，则关于付款方式的问题仍应按原合同中的一次性付款执行。
综上所述，当补充协议与合同发生冲突时，虽然一般以补充协议为准，但具体判断还需综合考虑多种因素，包括补充协议的有效性、原合同的特殊约定以及双方的真实意图等。只有全面、客观地分析这些因素，才能做出准确、合法的判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。