关于农业信用卡逾期是否会从微信扣款的问题，这主要取决于具体的情况和相关的设置。以下是对此问题的详细解答：
一、正常情况下不会直接扣款
信用卡是由银行发行的信贷产品，而微信是腾讯公司运营的第三方支付平台，两者在运营上相互独立。在正常情况下，银行没有直接从微信账户中扣除款项的权限。信用卡的还款通常需要持卡人通过银行渠道（如手机银行APP、网上银行）或第三方支付平台（如微信支付的“信用卡还款”功能）主动发起操作。
二、特殊情况下的扣款可能性
预约还款功能：如果持卡人将微信钱包与农业信用卡绑定，并设置了预约还款功能，那么当信用卡逾期时，微信中的余额可能会被自动划扣用于还款。但这种情况需要持卡人主动设置，并且是在持卡人授权的情况下进行的。
法院强制执行：若信用卡持卡人长期逾期不还款，银行有权通过法律途径追讨欠款。在银行获得胜诉判决后，若持卡人仍拒不还款，银行可以向法院申请强制执行。法院在执行过程中有权查询、冻结、划拨被执行人名下的财产，这包括微信钱包里的资金，但前提是微信钱包与被执行人的实名认证信息一致。
三、对微信支付功能的影响
除了上述的扣款情况外，如果银行起诉并胜诉，微信在知晓相关情况后，可能会根据法院要求或相关规定，对持卡人的微信支付功能进行限制，如冻结账户、限制交易等。这虽然不直接涉及扣款，但会间接影响微信钱包内资金的使用。
四、建议
为避免逾期带来的不良后果，我建议农业信用卡持卡人：
综上所述，农业信用卡逾期本身不会直接导致微信钱包被扣钱，但在某些特定情况下，如持卡人设置了预约还款功能或面临法院强制执行时，微信钱包内的资金可能会受到影响。因此，持卡人应合理使用信用卡，并关注自己的还款情况，以避免不必要的麻烦。