公司车辆存在多起闯红灯的处罚需分情况讨论，具体如下：
对驾驶员的处罚
根据《道路交通安全法》第九十条，闯红灯属于违反交通信号灯通行的行为，驾驶员将被处以200元罚款，并记6分。若车辆存在多起闯红灯记录，驾驶员需为每起违法行为单独接受处罚，即罚款和记分累计计算。例如，3次闯红灯将面临600元罚款和18分记分。若驾驶员在一个记分周期内累计记分达到12分，需参加交通安全法律法规学习并重考科目一；达到24分以上，还需重考科目三。
对公司的责任
- 民事责任：若闯红灯导致交通事故，公司作为车辆所有权人需承担民事赔偿责任。根据《民法典》第一千二百零九条，若驾驶员因执行工作任务造成他人损害，公司需承担侵权责任；若驾驶员存在故意或重大过失，公司赔偿后可向其追偿。
- 行政责任：公司作为车辆管理方，若未履行安全管理义务（如未及时处理违章、未对驾驶员进行安全教育），可能面临交通管理部门的约谈、责令整改，甚至行政处罚（如罚款）。
- 刑事责任：若闯红灯行为构成交通肇事罪（如致人重伤、死亡或重大财产损失），驾驶员可能被追究刑事责任；公司若存在指使、强令驾驶员违章驾驶等情形，相关责任人也可能被追究刑事责任。
特殊情形处理
- 车辆被套牌：若公司能证明闯红灯记录系他人套牌所致，可向交通管理部门提出申诉，经核实后免除处罚。
- 系统误判：若因交通信号灯故障或监控设备误拍导致违章记录，公司可提供证据申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销处罚。
建议：公司应立即核查闯红灯记录，确认驾驶员身份，督促其接受处罚并加强安全教育；同时完善车辆管理制度，定期查询违章信息，避免类似行为再次发生。若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询。