个人与公司签订合作协议并不违法，但具体是否合法有效，需结合协议内容、签订主体资格及签订过程等多方面因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、协议签订主体资格
个人方面：
- 个人作为具有完全民事行为能力的自然人，有权签订合作协议，并承担相应的法律责任。
- 若个人为限制民事行为能力人或无民事行为能力人，则需由其法定代理人代为签订，否则协议可能因主体不适格而无效。
公司方面：
- 公司作为法人组织，具有签订合作协议的主体资格。
- 签订协议时，公司需确保有合法的授权，如由法定代表人或经授权的代理人签字，并加盖公司公章，否则协议可能因缺乏合法授权而无效。
二、协议内容合法性
协议内容不得违反法律法规：
- 合作协议的内容必须符合国家法律法规的规定，不得包含违法、违规或损害社会公共利益的条款。
- 例如，协议中不得约定非法经营、偷税漏税、侵犯他人知识产权等违法内容。
协议内容需明确具体：
- 合作协议应明确双方的权利义务、合作方式、利益分配、违约责任等关键条款，以避免因条款模糊而引发纠纷。
- 协议内容应具体、可行，具有可操作性，以便双方能够按照协议约定履行各自义务。
三、签订过程合法性
签订过程需自愿平等：
- 合作协议的签订应基于双方自愿、平等的原则，不得存在欺诈、胁迫等不正当手段。
- 双方应在充分了解协议内容的基础上，自主决定是否签订协议，并承担相应的法律责任。
签订过程需遵循法定程序：
- 根据协议的性质和金额大小，可能需要遵循特定的法定程序，如公证、审批等。
- 例如，涉及重大资产转让或对外投资的合作协议，可能需要经过公司董事会或股东会的决议批准。
四、法律后果
合法有效的合作协议：
- 若合作协议符合上述条件，则具有法律效力，双方应按照协议约定履行各自义务。
- 若一方违反协议约定，另一方有权要求其承担违约责任，并可能通过法律途径维护自身权益。
违法无效的合作协议：
- 若合作协议存在主体不适格、内容违法或签订过程不合法等情形，则可能被认定为无效协议。
- 无效协议自始不具有法律效力，双方无需按照协议约定履行义务，但可能因协议无效而承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。
建议：在签订合作协议前，双方应充分了解协议内容，确保协议符合法律法规的规定，并遵循自愿、平等的原则进行签订。如有需要，可咨询专业律师对协议进行审查，以确保协议的合法性和有效性。若你在签订或履行合作协议过程中遇到任何法律问题，可直接向我咨询。