在双方公司签订合作合同，盖完公章后，签字部分通常应写公司法定代表人或授权代表的个人名字，而非直接写公司名字。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同签署的法律要求：

   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。合同签署时，需要明确签署人的身份和权限。
   • 在公司作为合同一方的情况下，由于公司是法人组织，无法直接签字，因此通常由公司的法定代表人或授权代表代为签署。这意味着签字部分应体现签署人的个人名字，并附上其身份证明（如法定代表人身份证明或授权委托书），以证明其签署合同的合法性和有效性。

2. 公章与签字的关系：

   • 公章是公司的重要法律凭证，具有代表公司意志的法律效力。在合同上加盖公章，表明公司对合同内容的认可和接受。
   • 然而，公章本身并不能替代签字。签字是签署人个人对合同内容的确认和承诺，是合同成立和生效的重要条件之一。因此，在加盖公章的同时，还需要有签署人的个人签字。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 在签署合同时，应确保签署人具有合法的签署权限。如果是法定代表人签署，应核实其身份证明；如果是授权代表签署，应核实授权委托书的内容和权限范围。
   • 签字部分应清晰可辨，避免使用模糊或难以辨认的字迹。同时，签字应与签署人的身份证明或授权委托书上的名字一致。
   • 如果合同涉及重要事项或金额较大，建议双方公司在签署前进行法律审查，以确保合同的合法性和有效性。

4. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如合同双方均为公司且存在长期合作关系，可能会采用预先签署空白合同或使用电子签名等方式。然而，这些方式需要严格遵守相关法律法规的规定，并确保签署人的身份和权限得到合法确认。
   • 如果合同中明确规定了签字部分可以写公司名字或其他特定方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么可以按照合同约定执行。但这种情况较为少见，且需要谨慎处理以避免潜在的法律风险。

建议：在签署合作合同时，双方公司应明确签署人的身份和权限，并在合同上加盖公章的同时由签署人个人签字。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。